公社群聊Q&A整理：2015.09.09 10 ~ 2015.09.14 12 （含既往全文）

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-4-5 21:44:49

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2015.09.09 10:19:23
Q:
Cu用什么基组好？
6-311+g*
A:
穷：lanl2DZ，中：lanl2TZ、SDD
Q:
Sob老师，您好！
请问什么方法可以让其收敛！gaussian09 blyp/6-311+g* opt. 谢谢！
[图片]
A:
老生常谈
我能说的就是那篇博文里的方法
Q:
不好意思，对smutao@小木虫的问题，Cu用什么基组理解有误！
Cu用全电子基组也没问题。
A:
计算量比赝势大几倍，所以鼓励用赝势，虽然不是必须的。
Q:
谢谢老师
接sob老师的话，尝试opt=verytight int=ultrafine；SCF=novaracc；改变收敛限scf=conver=X；scf=xqc等等方法。你这个情况从我的经验来看可能换个方法或者基组就收敛了
A:
verytight更难收敛了。几何收敛限不要动，实在不行可以降到loose
问题是几何优化不收敛，如果SCF收敛限设松了，导致受力计算精度下降，反倒几何优化可能更难收敛
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2015.09.09 10:24:41
Q:
sob老师，Multiwfn搜寻某个原子附近的临界点，怎么查询到原子的坐标啊@Sobereva
A:
主功能0就能看到
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2015.09.09 10:47:50
Q:
老师好，我这个分子比较大，临界点多，看不太清哪个是金属和氧的临界点这要怎么弄啊，谢谢指点
A:
反复调节视角。或者弄到VMD里显示，视角更容易调节
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2015.09.09 11:53:23
Q:
老师，您好！早上您建议我做个静电势看看，如下。确实C
[图片]
我的问题是从数据上看C1 3 6这些位点更活跃（亲核攻击），可我实际实验是亲核加成到2，4，5其中一个上面了。
A:
只需要讨论那些可能发生反应的碳原子
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2015.09.09 13:44:40
Q:
[图片] 老师这个图感觉好像太大了,怎么把它调的小点呢？
A:
延展距离设小点
如果你是指体系在图中显得太大，应该是设大延展距离
Q:
嗯，对就是体系在图中太大，用的不熟练，我再试试Set stepsize in X,Y,Z axes, current: 5.000 5.000 0.10000
老师我没有弄明白怎么调延展距离？[Emoticon]
A:
设定作图平面的那个界面里就有
[图片]
Q:
谢谢Sob老师
[图片]好一些了
老师，如果对C60做像上面那种ELF分析可以作图么？
A:
可以
Q:
是不是主菜单进去就选5开始呢？
spatial region
A:
是
Q:
老师曾在群里说考察共轭问题用ELF更合适，我就对两个平面分子做了ELF图，但不知道这个图能说明什么问题，求指点
[图片]
A:
你看看ELF-pi的文章
Q:
j chem phys 120, 1670么？
A:
衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/176
6.2节都讨论了
----------------------------------------------------
2015.09.09 13:59:01
Q:
请问一下，正负电荷分离的体系用什么泛函较好？
A:
什么叫正负电荷分离的体系？
Q:
就是一个分子体系当中某个原子带一个正电荷，另一个原子带负电荷
A:
常用的诸如M062X就行
----------------------------------------------------
2015.09.09 14:01:17
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
这种体系一般都作等值面图考察
----------------------------------------------------
2015.09.09 14:22:12
Q:
老师，像拉普拉斯等值线图，静电势等值线图这些，用multiwfn画出来，怎么旋转，也就是我想换个角度把这个图做出来。
A:
ps里进行旋转
或者用不同的方式定义作图平面
Q:
ps旋转，可是坐标就变了
还是说这类图买那么强调坐标
没那么
A:
坐标轴并不重要
没有坐标轴也不碍事
----------------------------------------------------
2015.09.09 15:32:57
Q:
哪个学校有权限
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/acv.12156/abstract
weily貌似hub不能用了
A:
前一阵子有人在群里共享过个wiley账号可以试试
seafate123 outrage123
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2015.09.09 15:42:57
Q:
[图片]
请问一下，那这里如果换成Stout-Politzer划分，因为不具备旋转不变性，得到的结果应该是没有意义的吧？
A:
有意义，但几乎不会有任何好处
Q:
意义和好处是指？
A:
结果能用
但不会比mulliken有什么改进
----------------------------------------------------
2015.09.09 15:55:38
Q:
老师您好，问一下晶体得到的结构不优化可以进行aim分析吗
A:
晶体测的氢原子位置不准，应当固定重原子优化氢的位置
Q:
这要怎么操作呢
求老师讲解下
A:
重原子已经比较准了，没必要再优化
做限制性优化即可
比如ORCA里专门有关键词optimizeHydrogens true，这样只优化氢
Q:
嗯嗯好的谢谢老师
不知道高斯里怎么操作啊
假如不分析氢成键的话影响应该不大吧
A:
你最好还是优化一下，毕竟涉及氢的键长度不合理也会多少影响重原子的电子结构
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2015.09.09 16:42:36
Q:
promolecule怎么翻译比较好？好像是整个分子的意思
A:
初分子
叫准分子也可以
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2015.09.09 17:16:02
Q:
[图片][图片]大家好，我练习一个scan的例子，我每次弄出来的输入坐标是第二张图的内坐标的形式，想请教一下大家第一张图坐标的形式怎么弄的呢
A:
你得自己手写才能写成第一张图那样
Q:
老师的意思是，我先弄成内坐标的形式，然后在手动的调成第一张的形式是吗？
A:
笛卡尔坐标可以scan
是
但是程序生成的内坐标定义顺序、方式不会如你所愿，调得调不少
----------------------------------------------------
2015.09.09 17:33:19
Q:
请教一下，计算循环伏安法氧化还原电极电势一般用什么软件计算呀
用高斯能算吗
A:
能
算电极反应自由能变，一折算就行
Q:
也就是算反应物和生成物各自的频率，然后折算吗
A:
恩，但必须考虑溶解自由能。要算的是溶液下的自由能变
Q:
好的，谢谢sob老师
这样就只需要算在溶液下的自由能，不用算空气中的自由能了
A:
[图片]
得算
气相自由能加溶解自由能才是溶液下的自由能
你可以看看这两篇
Phys. Chem. Chem. Phys., 2014, 16, 15068--15106
Phys. Chem. Chem. Phys., 2000, 2, 1231-1239
----------------------------------------------------
2015.09.09 18:01:40
Q:
请教大家一个问题填色图应该怎么翻译
A:
color-filled map
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2015.09.09 18:02:50
Q:
请问.trj文件可以用VMD打开吗？如何操作呢？@Sobereva
A:
后最改成.xyz拖进VMD
后缀改成.xyz拖进VMD
Q:
[图片],.xyz用VMD打开，出错了@Sobereva
A:
文本编辑器打开文件，确认第一行是原子数，第二行是注释
Q:
老师，我是用的这个软件，[图片]得到的.trj文件，是不是不能转化为xyz文件@Sobereva
A:
我还以为你说的是ORCA的.trj文件！
beeMD的事你得问开发者
trj这个后缀并不对应于唯一一种格式
----------------------------------------------------
2015.09.09 18:41:38
Q:
求助:L103死要怎么一下
好吧
A:
[图片]
典型犯规
----------------------------------------------------
2015.09.09 18:48:52
Q:
娃娃要做老师的助理
A:
助理已经有人了
Q:
[图片]
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.09.09 18:57:04
Q:
老师，我想问一下[图片]这个占轨道的成分是怎么显示在图上呢
A:
ps
直接在ppt上输入也行
----------------------------------------------------
2015.09.09 19:00:50
Q:
%chk=mlNi2Ca2.chk
%mem=4GB
%nprocshared=4
# m06l/genECP opt(cartesian,tight,maxcyc=100,GDIIS) int=ultrafine scf(tight,xqc,maxcyc=1000,maxconv=150) freq=noraman
ni1 co6
1 2
Ni 1.42974400 -0.19638200 0.00000500
Ni -1.49001600 -0.04096300 -0.00000100
C 1.71851600 -1.32207200 -1.58919500
C 0.12085800 2.44476300 -0.00002500
C 1.71854000 -1.32197700 1.58926900
C 3.06256600 0.84511400 -0.00004600
C 0.09790100 1.12713200 -0.00001200
C -1.93965500 -1.91307600 0.00003900
C -2.30900900 0.51057200 1.67319000
C -2.30898600 0.51049100 -1.67322900
O 1.85587900 -1.90749800 2.54000400
O -2.17460400 -3.01437600 0.00006100
O -2.77172600 0.92992300 2.60997400
O -2.77170100 0.92979900 -2.61003500
O 3.94970700 1.53600900 -0.00007500
O 1.85583800 -1.90765100 -2.53989700
O 0.14701200 3.60378800 -0.00003700
C O 0
6-311+g*
****
Ni 0
SDD
****
Ni 0
SDD
这是输入文件
A:
字号改小
去掉maxcyc、noraman，然后再说别的
Q:
谢谢sob老师
A:
这不解决你的问题，只是解决一些恼人的东西
----------------------------------------------------
2015.09.09 19:51:44
Q:
各位亲，请问群共享里是不是曾上传过一个关于量化计算测试集的文档，是不是啊？若有的话，能否再共享哈？
A:
你联系梦藏秋
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2015.09.09 19:52:32
Q:
请问。我把分子轨道系数写成了fchk规定的格式，写到了fchk文件里，然后用cubgen做一些计算。
这样做可以么？
我没把密度矩阵拷过去
A:
可以尝试，但cubegen可能还会读一些额外的信息，如果你没严格按照要cubegen读取时候的求写写就会crash
Q:
没有crash。
我都是统一的基组
我担心，cubegen用密度矩阵什么的东西来做。我只给了系数
A:
胡写一个密度矩阵，看看结果靠不靠谱就知道了
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2015.09.09 20:34:57
Q:
求问大神：densityfit在加速dft计算的同时会对计算精度有多大的影响呢？
A:
这里有讨论
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
跟你用的密度拟合基组有关系，密度拟合基组越大，引入的误差越小
----------------------------------------------------
2015.09.09 20:39:56
Q:
请问，我读入一个chk文件做初猜，怎么输出一个新的chk文件啊？
我看chk的修改时间没变啊
A:
肯定会覆盖的
如果你不想覆盖，你就用%oldchk指定从哪个chk里读入，新的信息会输出到%chk里
Q:
嗯嗯，谢谢两位了。我再仔细算算
我想读一个初猜，迭代一步，把密度矩阵给我造出来
我才cubegen算ESP高效，可能来源于这里。
A:
高效是因为它的积分算得快，另外可能做了些近似，而不是基于核吸引势积分来算的
Q:
好的，谢谢提醒了。我拿Multiwfn跟cubegen结果对比一下吧。
近似太严重，就用multiwfn了、
A:
我比较过，cubegen算的精度没什么问题，和multiwfn相符较好，可以放心用。
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2015.09.10 06:05:39
Q:
大家一般用什么软件来做电子密度和差分密度图呢？
好用么？还没用过
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
Multiwfn是作密度差图最完美最好用最快最便利的工具，没有之一
不了解Multiwfn的话看此文
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
----------------------------------------------------
2015.09.10 06:05:39
Q:
大家好，想问下有没有用过ADF软件的，跟高斯相比，两者有何异同没有
A:
最大区别是ADF基于STO基函数。主要功能都一样，但一些具体特征各有所长，比如ADF考虑旋轨耦合比较不错。
----------------------------------------------------
2015.09.10 06:05:39
Q:
老师，像这个图，怎么去掉原子上的那些等值面呢[图片]
A:
Statile 什么图？如果是RDG，把settings.ini里的RDG_maxrho恢复默认值
----------------------------------------------------
2015.09.10 06:05:39
Q:
NEB方法到底是什么？
有没有实现代码？
A:
这里有介绍，是获得连接反应物和产物的能量极小路径的
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
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2015.09.10 06:05:39
Q:
分子构型搜索软件，有什么软件可以计算超过100个原子，允许速度比较快的，帮忙推荐一下，非常感谢
hyperchem用半经验都很慢，伤不起
A:
molclus http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
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2015.09.10 06:05:39
Q:
高斯计算如何设定不同的反应温度呢！
A:
temperature=x
----------------------------------------------------
2015.09.10 06:05:39
Q:
请教一下，在通常的DFT的计算软件中，所有能量的基准是怎么设置的？都是以无穷远为0势能点吗？
A:
能量基准和HF一样，一看公式就知道。是体系所有粒子相距无穷远的能量。
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2015.09.10 06:07:44
Q:
固定键长优化的关键词是甚么了？谢谢大家了。
gaussian，想要柔性分子中，A原子和B原子键长从1A---->3A的势能面，每隔0.5A做一个扫描，关键词是 opt=ModRedundant, 对于原子的键长怎么定义了？求帮助啊。
gaussian，想要柔性扫描分子中，A原子和B原子键长从1A---->3A的势能面，每隔0.5A做一个扫描，关键词是 opt=ModRedundant, 对于原子的键长怎么定义了？求帮助啊。
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.09.10 09:02:46
Q:
老师，节日快乐！
请教个问题啊，就是我同一个体系，两种不同的构象，为什么其他一种构象用SMD和CPCM溶剂模型优化最终结构能够收敛，但是另一种构象则是用这两种溶剂模型都没收敛，波动很大，但真空下能够很快收敛啊？
A:
真空容易收敛这容易理解，毕竟引入的额外数值因素少
减小步长上限或calcall再试吧
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2015.09.10 09:07:19
Q:
老师，RDG_maxrho这个的默认值是多少啊？
A:
[图片]
最后一个数字就是默认值
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2015.09.10 09:07:59
Q:
，我想弄明白pi-pi相互作用的本质，这是查到老师曾经说过的一段：研究表明pi-pi相互作用本质就是范德华作用，只是因为环上电子的离域，导致其分子平面上电子密度高，使得平面在堆叠的时候彼此间范德华作用比一般情况要强。并不是强的轨道相互作用所致。
A:
没错，就是色散作用，更深层本质就是来自于电子库仑相关
[图片]
Q:
还有有文章写到了库伦相互作用能和范德华相互作用能，既然范德华力也是偶极矩变化产生的，那是不是库仑力就是包含了范德华力，那么我们用静电势能面又能解释什么问题。还望老师指点
A:
范德华作用中的吸引部分叫色散作用，色散作用按照经典方式描述是瞬时偶极-瞬时偶极产生的作用，和永久偶极能够产生的库仑作用的本质完全不同。
----------------------------------------------------
2015.09.10 09:17:53
Q:
老师，节日快乐！我想请教一个问题，我用gamess算能量分解，scf不收敛，应该怎么解决呢？输出文件为：[图片]
这是输入文件。[图片]
A:
你先算个整体的单点，看单点能不能收敛，不能收敛的话先调整到单点能收敛再做LMOEDA
----------------------------------------------------
2015.09.10 09:24:04
Q:
初学gammess，我是直接用高斯优化好的构型做能量分解的，请教老师单点的输入文件怎么写？如果单点也不收敛，需要调整构型吗？
A:
runtyp改成energy就完事了
改的是关键词，而非构型
----------------------------------------------------
2015.09.10 09:28:32
Q:
：求上面描述pi-pi相互作用的原文，多谢！
A:
pi-pi的主因是色散作用，由于pi电子富集且作用时接触面积较大，这种作用比平常的色散吸引表观上更强，是能量降低的关键因素。
pi电子间的静电互斥、交换互斥是不利因素
共价作用、电荷转移什么的都是伴随着产生的非常微小的因素，不考虑也罢。
对于有溶剂的情况，疏水作用会促进pi-pi堆积结构的形成。
----------------------------------------------------
2015.09.10 09:30:06
Q:
[图片]老师，这个深蓝色的是N元素，本来他和旁边的那个应该是弱相互作用的。这个图中却成了键，也没有像另外一个弱相互作用那样有一个圆饼状的等直面，这是因为做的不对，还是说这个键很强，强到快和一般的共价键差不多了。
A:
因为键太强，密度超过了0.05，所以在默认的RDG_maxrho下被屏蔽掉了
----------------------------------------------------
2015.09.10 09:48:13
Q:
我的eda不收敛，老师说先做个单点。
那请问老师，单点的输入文件应该怎么写？
sobereva老师，节日快乐
A:
谢谢
runtyp=energy
仔细看回复
Sobereva(190258442) 9:24:04
runtyp改成energy就完事了
Q:
我写错了。谢谢sob老师
恩恩，我正在试，谢谢。@598013053
sob老师，单点还是提示不收敛。[图片]
A:
检查结构，尝试其它基组，尝试加大MAXIT等等，要看具体收敛趋势决定怎么搞，反复试试
----------------------------------------------------
2015.09.10 09:53:34
Q:
我们国家投入很多科研经费，鼓励大家发文章，科研成果公开，全世界享用。我们国家是不是冤大头？
A:
对于纯学术的东西，发文章也算是促进中国在科研界的影响力
Q:
我觉得我们国家就应该专做不发文章的应用研究，让欧美国家去当冤大头吧。
[图片]
A:
不应消极地看待学术研究
Q:
我要向国家建议，成立国家翻译局，招那种找不到工作的博士，或者厌倦了科研的博士，专门负责把国外的科技论文翻译成中文，然后放到CNKI里供大家查阅。
A:
虽然对这个持中立态度，但是倒是支持国家多给博士解决出路，省得人才和知识的浪费
Q:
我想说的是为什么国际通用语言是英文，而不是中文，有本事大家都用国际语发文章好了
A:
国际语如今也就是交友用
Q:
上世纪三十年代法语做过一段时间通用语言尝试，而bose在发表BE统计文章的时候请的是Einstein帮他翻译成的德文
不存在通用语言之说，只是经济基础决定一切
呵呵
日本现在很多成果都发的是日文文章
A:
然而理论化学界能产生影响的只有kato、hirao、morokuma、Nakano、Nakatsuji、yoshizawa等等发过的英文文章
----------------------------------------------------
2015.09.10 10:00:56
Q:
请教：用gaussian做过渡金属cluster优化的时候，HOMO和LUMO值是正值，审稿人认为不可信，我该如何调整计算方法，能将H和L能级调整成负值？
是这样的
可是审稿人举出这个领域中几位牛人做的类似体系都是负值
A:
LUMO为正正常，HOMO为正就说明体系的电子不稳，会自发跑掉。你算算电离能，应该是负值，即电离掉成为阳离子才稳定。
Q:
大牛用的是 TURBOMOLE，类似的阴离子团簇就能得到负值
老师，我是不是应该调整自选多重度呢？
树老师，那我应该怎么处理才能解决这个问题？
A:
这不是程序的事，用的理论方法都一样的
Q:
谢谢树老师和Sob老师的解答
我的体系就是有裸露的原子不完全成键，之前自选多重度是1，我现在实验3和5，如果3和5的结果H和L都是负值了，选择的时候，是按照总能量最低来选择吗？
A:
对
----------------------------------------------------
2015.09.10 10:17:44
Q:
[图片] 请问下，这句话怎么理解，什么叫中性平衡算离子态能，离子平衡算中性态能，我该如何计算
A:
比如你在0 1中性下优化，在这个结构下再算1 2阳离子态的能量
----------------------------------------------------
2015.09.10 10:23:32
Q:
啥时候我们能办全球一流的期刊就好了，像nature和science那样，让中文难死他们[Emoticon]
再过三到五十年
直接在基金上作要求，一项基金出的最好的成果必须发在中文期刊上
A:
用英语与其说是迎合西方，更多的是为了学术交流方便，总得有个通用语言
Q:
这个不赞同
A:
各国都用本国语言，德国人发德语文章、法国人用法语发文章，怎么促进学术交流？
看Grimme的文章还得学德语去？
----------------------------------------------------
2015.09.10 10:30:24
Q:
请问用multiwfn计算的rho vs sign(lamda)RDG 散点图得到的output.txt如何用origin做成散点图方便标注横纵坐标及名称，multiwfn自动生成的图片坐标轴比较细也没有坐标名称。谢谢大家。
A:
拿后output.txt两列当X,Y作散点图就行了
Q:
我拿到的数据里面是五列数据，搞不清楚哪个是什么坐标了。[图片]
A:
每一列在屏幕上有清楚的提示，一定要注意看multiwfn在屏幕上输出的任何信息
----------------------------------------------------
2015.09.10 10:48:02
Q:
请问一下gview如何保存至这种gjf[图片]
我去掉[图片]确保存了这种[图片]，然道还得手动将变量替换吗
A:
gview保存输入文件时内坐标变量不用字母表示的解决方法
http://sobereva.com/292
----------------------------------------------------
2015.09.10 10:57:58
Q:
opt=modredundant
195 196 0.6 S 20 0.3
[图片]
柔性扫描195和196的H距离，报错了，求大家帮助看下。
A:
哪个G09版本？
Q:
D 01
A:
D.01别写初值，否则可能出错
Q:
噢噢，就是默认是甚么就是什么呗。
195 196 S 20 0.3
这种的。
报错还是提示说不识别 "S".
A:
那说明你输入的格式不对，这部分没放在该放的位置
Q:
空行
Ag
lanl2dz
195 196 S 15 0.4
这样写的
我在扫描过程中，对于部分原子进行了冻结，是不是也有影响？
是的。
A:
输入文件传上来一看就知道了
Q:
嗯
A:
你既然用-1冻结，你就别再用opt=modredunant这么扫描
modredundant有专门的坐标冻结写法
Q:
其实冻结主要是为了节省计算量，体系太大不好计算。
[图片]
后面的部分输入。
A:
关键词怎么写的？
Q:
#p opt=ModRedundant lsda/gen pseudo=read
写pbepbe。
A:
[图片]
Q:
对于固定的原子来说，还参与scf迭代吗？
A:
去掉0.6，去掉冻结设定再试。
还不行你把扫描设定写在自定义基组前面试试
Q:
多谢sob老师耐心指点。
A:
参与啊，所以计算量并不会降低
只不过是优化时候不动，而且判断收敛的时候不考虑它们
Q:
把冻结设定去掉之后就可以了。
计算的体系有200多原子还有金属元素，想要扫描两个原子距离从短到长的势能面，有甚么好的扫面办法吗？
我之前冻结以为会节省一些计算量，才冻结。
不扫描。。。
可以想看势能曲线的变化呢？
A:
柔性扫不动就用刚性扫描
刚性还扫起来困难就降低计算级别
DFT还算不动就用PM6半经验，或者ORCA用GGA泛函结合def2SVP开RI来扫，或者简化体系，把那些不会影响要扫描的键的原子去掉
Q:
刚性还能考虑原子之间的动态关联吗？
A:
动态相关和这个是两码事
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2015.09.10 11:27:58
Q:
老师：您好！请问，我们用NBO算得NAC电荷，是原子上集中的正电荷吗？
A:
没有什么NAC电荷
NBO程序给出的是NPA电荷，见群共享里《原子电荷计算方法的对比》里面的介绍
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2015.09.10 11:35:08
Q:
好方法！ORCA一般来说用RI-MP2多少个核（>8）并行效率比较高
A:
肯定核数越少并行效率越高。
Q:
加到8就不敢加了，怕浪费资源
A:
看看实际耗时吧，够用就不用加了。RI-MP2很快，8核算上百个原子也挺快了。
Q:
我用的是def2-TZVPP算40个原子体系，结果三天才能优化出两圈
A:
优化就别用MP2了
DFT优化，双杂化算能量，这样组合才好
40个原子单点用RI-PWPB95-D3/def2-QZVPP是黄金组合
Q:
我是做柔性扫描，您的意思是先用DFT扫描出这些点然后再用这些点的结构算mp2能量吗
A:
可以
但MP2就算了，双杂化泛函肯定比它强，计算量还一样
Q:
总是有种post-HF更好的心理阴影
A:
MP2和DFT几乎在一个档
双杂化将MP2和DFT杂化在一起，从而精度高出一个档
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2015.09.10 12:01:45
Q:
柔性扫描是 opt=ModRedundant
刚性就是相当于单点吧？
A:
对
Q:
像是双原子分子内嵌在覆盖配体的笼子中，刚性扫描对于双原子键长从短到长的过程，势能曲线就不合理了吧。
A:
只要有明显位阻出现刚性扫描就不合理
Q:
嗯，多谢sob老师。
优化的曲线很完美的话，也可以当作是扫描中的一部分吗？
A:
不能
Q:
哦，怎么理解呢？
A:
目的完全不一样
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2015.09.10 13:59:12
Q:
有个杂志就叫 nature and science
A:
这个http://www.scirp.org/journal/ns/
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2015.09.10 14:14:58
Q:
对Au、Pt等重元素采用包含赝势的基组以包含标量相对论效应（例如LANL2DZ或SDD基组，或较大的Def2-TZVP基组）-----这么说会不会被指不确切？
A:
这样更严谨些：采用结合相对论赝势的基组以等效体现标量相对论效应
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2015.09.10 14:27:06
Q:
学术用这个 http://gfss.cc.wallpai.com/scholar/
A:
刚注意到有个微软学术
http://academic.research.microsoft.com/
太难用了
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2015.09.10 14:43:21
Q:
求教液态水的能量怎么来计算啊？用水做溶剂化效应吗？
A:
问得太含糊。
如果水在水中的溶剂化能，有现成的数据一查就知道
Q:
单纯液态水分子的能量还有其他的方法计算吗
A:
单个水分子没法说液态还是气态
你得搞清楚计算目的再说怎么计算
还有能量指的具体是什么
光得到绝对能量毫无化学意义
Q:
想算一下液态水分解的电动势
想要算反应前后自由能变
A:
你要得到的是水分子在水溶液下的自由能
优化+振动分析（或者用热力学组合方法）得到气相自由能，加上溶解自由能即可
----------------------------------------------------
2015.09.10 15:17:34
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
对
----------------------------------------------------
2015.09.10 15:18:18
Q:
老师节日快乐。请教一个问题：做ELF图时，获取波函数计算时加不加nosymm是否都没影响？但是画电子密度差图时必须要加nosymm是吗？谢谢老师
A:
如果是整体减去片段的必须要加，否则坐标对不上。如果只是对于同一个体系不同电子态来算密度差则不用，因为不管加不加坐标都肯定能对上
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2015.09.10 15:19:41
Q:
就是说凭借Multiwfn的空穴-电子功能得到电子密度差分图的cube文件的话，在进行TDDFT计算时不用加nonsymm
nosymm
A:
不用加
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2015.09.10 15:25:06
Q:
麻烦再请假一下哈溶解自由能是怎么计算的？
A:
[图片]
[图片]
Q:
scrf 中为什么没有溶剂
A:
水是默认的
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2015.09.10 15:44:26
Q:
[图片]老师我的过渡态进行iRC这种图形对吗
怎么不是中间高两边低的那种？
A:
显然中间比两边高，只不过比左边只高一丁点，势垒极小
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2015.09.10 15:50:23
Q:
sob老师，我在一个催化剂的表面吸附了2个H原子，在此基础上，又吸附了一个乙烯，根据已经吸附了2个H原子的表面为基准，算出来乙烯的吸附能是正的，另外，吸附乙烯后，结构发生很大变化，算了好几遍，依旧是这样的结果，请问老师这是怎么回事呢？
A:
吸附能不会是正的。如果是正的，优化的时候乙烯自然就会跑掉了。
Q:
[图片][图片]这是吸附结构图，可以看出乙烯与表面的金属原子已经发生作用了。但是能量算出来却是正的。
A:
优化必然往能量低的结构走，不可能是正的，肯定没算对
Q:
吸附乙烯后，表面变化很大
A:
变化也是往能量低的方向自发的变化
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2015.09.10 16:00:07
Q:
请问，怎们能让gaussian不优化我的轨道，直接给我造密度矩阵，计算性质啊。
A:
guess(read,only) IOp(6/8=3)
Q:
这个方法写chk文件么
A:
不会改变chk里的轨道信息
Q:
我希望gaussian吧轨道写到chk里面
把密度矩阵啊
刚才说错了
A:
你先这么弄，看看chk里密度矩阵update了没有
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2015.09.10 16:03:19
Q:
用于发文章画结构图的最炫软件有哪个呢而且是没有版权的
A:
VMD、CYLView
Q:
这俩都可以直接用发文章没版权的哈
A:
恩
Q:
pymol呢
A:
我不爱用它
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2015.09.10 16:32:20
Q:
[图片]
sob老师，用PM6扫出来的势能曲线，能垒高低，报道出来是可以接受的吗？
如果可以接受的话，把势井中能量低点，用DFT细致优化，给出稳定结构，也是可以的吧？
A:
PM6的能垒比较烂，MOPAC2012有个PM7-TS，专门用来算势垒的PM7的变体，算势垒肯定比PM6强得多
但对于提供粗略找极小点的初始位置，PM6的曲线还算能用
Q:
嗯，多谢sob老师。
DFT如果算不动的话，把收敛级别调低一些，也是可以的吧？
A:
最低就降到conver=6，但这能省的时间也就百分之几十而已
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2015.09.10 16:53:57
Q:
求教 [图片] 这个反应过程的自由能变化我用密度泛函方法算出来和实验值偏差较大按理说这个值应该是个相对数值用什么方法计算更能接近实验值呢？
A:
热力学组合方法，比如G4。然后再考虑溶解自由能。
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2015.09.10 16:59:48
Q:
sob老师,我优化之后的HF一般都是小数点6位数, 但是又出现了一个小数点后只有4位数的, 可以用吗
A:
如果你是从末尾读的，可以，说明后面都是0
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2015.09.10 17:19:19
Q:
[图片]看到最后一句话我也是醉了
A:
[图片]
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2015.09.10 21:52:36
Q:
老师您好，我在win下使用multiwfn，请问linux下生成的wfn需要unix2dos命令转化成win格式吗？谢谢老师
A:
不用
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2015.09.11 07:00:05
Q:
老师，Linux 有两个硬盘，大小都是250gb ,如果用于amber动力学模拟，应该怎么分区,电脑内存32gb, 四核八线程处理器。
A:
Statile 怎么分无所谓，毕竟轨迹你往哪里都能存，看你使用习惯
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2015.09.11 08:06:12
Q:
老师早上好，我做密度差分析时，在multiwfn上选择0.0004等值面的时候出现的图是这样的[图片]，但是输出density在VMD中画图却是这样的[图片]试了好几次都是这样，请问老师是我哪里出错了吗？谢谢老师
A:
只可能是等值面数值的问题
图不错
Q:
老师您的意思是我的等值面选得太小了是吗？
A:
VMD里设得不够小，所以负值部分等值面显得太细小
Q:
[Emoticon][Emoticon]老师那我应该在VMD中哪里进行修改呢？或者是在multiwfn中就把等值面的值取大一点？谢谢老师
A:
Multiwfn里等值面设大设小和VMD里没任何关系
你得在graphic-representation里把isovalue设小
设得和Multiwfn里一致则看到的等值面也就会一致
可以这么说
Q:
谢谢老师，[图片]解决了[Emoticon]，另外，老师，请问我的等值面选这么小会影响分析吗？还是这个看我自己的需求？这个图是不是能看出边缘的原子电荷都往中间偏转了？谢谢老师
A:
觉得好看、能反映要说明的问题就行。
Q:
师姐，这个好像跟电子排布有关吧，好像是有个2s+1的公式，结构化学里面有
A:
既然是自由基，自旋多重度就不能是1，除非是双自由基
培训班基础量化部分第一天下午讲过
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2015.09.11 08:42:51
Q:
最近想使用ROCBS-QB3方法，看高斯说明是说可以计算
我计算过渡态使用的命令如下：
%mem=500mw
%nprocshared=12
#p ROCBS-QB3 fopt=(ts,calcall)
但是报错了
No analytic 2nd derivatives for this method.
Error termination via Lnk1e in /home/dyh09/g09/l1.exe at Sun Sep 6 07:40:25 2015.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 1.1 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
说没有二阶解析梯度
大神有没有用过的啊
我用过CBS-QB3 fopt=(ts,calcall) 优化就没有问题可以做
A:
你对热力学组合方法的思路完全不明白
CBS-QB3是一套任务，用来得到热力学数据，根本不能找过渡态
Q:
啊？可是CBS-QB3 fopt=(ts,calcall) 这个算出的结果和优化的一致呢
A:
什么优化的结果？
CBS-QB3本身就已经定义了该做什么任务，你额外设定opt没有意义
Q:
这是一个组合的能量算法，初始第一步是要优化的吧？后续各种单点校正
A:
热力学组合方法就写一个关键词，其它什么也别写，除了手册里明确说明的能额外写的
Q:
那如果是这cbs-qb3就是不能算过渡态的单点？
A:
不能算。
虽然有些文献那么干，但我不推荐。本身这类热力学组合方法考虑的对象就不是过渡态和势垒。
Q:
组合算法是基于一定方法下优化，然后进行的多种能量校正，为什么对异构体可以，过渡态就不行呢？
我还是不明白Sobereva老师
A:
不是不能算，但热力学组合方法在测试、拟合参数的时候都是针对极小点的，诸如原子化能、电子亲和能、解离能等等这些，就算拿它算了势垒结果也未必好，而且过渡态的特征和极小点在电子相关问题上也明显不同。
----------------------------------------------------
2015.09.11 08:53:12
Q:
sob老师，我做了激发态的计算想用Mutiwfn做electron-hole 分析，输入了.fchk文件，然后选择18，然后拖入输出文件，显示找不到文件[图片]，这是为什么？
A:
双引号去掉
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2015.09.11 09:01:13
Q:
老师，我用MS画的结构[图片]导出成pdb文件后，用gaussian打开发现是这个样子[图片]，老师这个对我的获取波函数计算又影响吗？还是我导出结果出了什么错误？谢谢老师
A:
pdb有定义原子连接关系的字段，把这部分去掉，应该就不会胡乱连接了。
----------------------------------------------------
2015.09.11 09:09:48
Q:
@sob，老师，我昨天请教过一个问题，边界原子成键不完全，为了使HOMO值为负，调整了自选多重度，电荷-4，自旋多重度1,3,5，但是仍旧无法将HOMO调整到负值，而且，1和3的总能量是一样的。请问，我要继续做自选多重度7么？
A:
不是自旋多重度的事
stable关键词检测，看波函数稳不稳。如果稳，那就尝试减少电子数或者尝试调整结构
Q:
那怎么解决呢?
[图片]是说我的体系么？
A:
gview打开文件的界面里就可以设定载入时是否自动加氢
----------------------------------------------------
2015.09.11 09:13:42
Q:
请问，我把占据轨道的顺序改变，计算的density跟ESP不会发生改变吧
A:
不会改变
Q:
请问，ESP计算，为什么提示这段话啊，考虑空轨道了么？
Note: Virtual orbitals higher than LUMO+10 have been discarded for saving computational time
A:
空轨道对结果没贡献，而且还费好多时间，所以自动去掉那些高阶空轨道
刚才在Multiwfn里实现了输出.fch的功能，现在已经可以读入ORCA的.molden文件输出.fch文件然后用cubegen算静电势之类的。
另外现在也可以输出带$VEC的GAMESS-US的输入文件。
----------------------------------------------------
2015.09.11 09:37:34
Q:
sob老师，我做的是有机共轭体系的激发态计算，在模拟UV谱的时候是nstates=50, 做electron-hole分析时，只看前5个激发态，nstates=10 IOP(9/40=4), 算出来的激发能和振子强度有稍微的差别，影响大么？
A:
你的意思实际上就是nstates=10和=40下前5个激发态的振子强度和激发能有稍微差别？
Q:
是nstates=50和 ntates=10,IOp(9/40=4)算出来的前5个态有差别
A:
你觉得差异很小就不用管
----------------------------------------------------
2015.09.11 09:46:47
Q:
[图片]
老师做OPT时总出现这错误该怎么改
A:
列出关键词
Q:
#p UB3LYP/gen Freq=NoRaman iop(5/13=1,2/16=1) opt(maxcyc=8000,cartesian) SCF(maxcyc=600,qc) guess=read geom=check
A:
用这个跑，有什么问题到时候再说
#p B3LYP/gen opt freq guess=read geom=check
----------------------------------------------------
2015.09.11 09:52:03
Q:
求教一下 pi-pi堆积体系用什么泛函优化比较合适？wB97XD怎么样？
A:
没问题
各种泛函带色散校正后都可以
Q:
我是看博客里面说 M06-2x-D3可能会严重低估结合能
谢谢老师
A:
没这么说过。我只说过M06-2X本身算pi-pi有时候可能不好
所以刚才才强调要加色散校正
----------------------------------------------------
2015.09.11 09:55:33
Q:
老师，几何优化一直不收敛，添加opt=gdiis命令后很快收敛，请问增加该命令影响能量吗@Sobereva
A:
不影响，只影响收敛过程。
----------------------------------------------------
2015.09.11 09:57:36
Q:
请教一下，在ubuntu下运行单点能计算时，出现如下错误，是什么原因？
[图片]
A:
硬盘空间不足
----------------------------------------------------
2015.09.11 10:00:16
Q:
太好了，请问，您修改的现在发行了么？
A:
等10分钟，我传主页上，一会儿通知你
Q:
[Emoticon]
可以读入$VEC，输出fchk么？
A:
这个还不行
Q:
已经很强大了，能解决很多问题了。
比如用别的软件做gamess初猜问题
A:
恩，这回初猜真是方便了。
GAMESS-US有的初猜很离谱，居然就算个水的三重态，自带的初猜收敛到高能态去了，用高斯fch这么提供初猜UHF能量就完全对上了。
传好了，在主页上下载3.3.8(dev)即可
Q:
好的，谢谢你了[Emoticon]
A:
载入.fch或.molden文件，然后进主功能100里选2，然后就可以选择输出GAMESS-US输入文件或.fch文件。
----------------------------------------------------
2015.09.11 10:09:11
Q:
输入命令
#p opt=（cartesian） freq b3lyp/genecp int=ultrafine 输出文件报错 Coeff-Com: 0.485D-04-0.930D-04 0.488D-04 0.176D-03 0.127D-02 0.128D-02
Coeff-Com: -0.191D-02-0.867D-02-0.219D-01-0.222D-01 0.680D-01 0.333D+00
Coeff-Com: 0.651D+00
Coeff: 0.485D-04-0.930D-04 0.488D-04 0.176D-03 0.127D-02 0.128D-02
Coeff: -0.191D-02-0.867D-02-0.219D-01-0.222D-01 0.680D-01 0.333D+00
Coeff: 0.651D+00
Gap= 0.069 Goal= None Shift= 0.000
RMSDP=5.91D-09 MaxDP=1.92D-07 DE=-1.46D-11 OVMax= 0.00D+00
SCF Done: E(RB3LYP) = -1328.57658726 A.U. after 13 cycles
Convg = 0.5913D-08 -V/T = 2.0452
KE= 1.271144381852D+03 PE=-1.064100949816D+04 EE= 4.234772485265D+03
Leave Link 502 at Fri Sep 11 09:03:51 2015, MaxMem= 1610612736 cpu: 795.2
Internal input file was deleted!
Error termination via Lnk1e at Fri Sep 11 09:03:51 2015.
优化曲线如下，请问老师如何解决啊
[图片]
A:
重新算一遍，临时文件被外部原因删掉了
----------------------------------------------------
2015.09.11 10:15:20
Q:
老师您好，在VMD中如何让这些元素符号透过这些等值面呢？谢谢老师[图片]
A:
要么改成透明的材质，要么自行ps
----------------------------------------------------
2015.09.11 10:22:56
Q:
一般认为氢键是氢键给体上的氢原子和氢键受体之间形成的静电相互作用！
这话正确？
A:
这种静电相互作用是主要成分，对于中等强度氢键是如此。但对于很弱的氢键色散作用不可忽视，而对于极强的氢键共价作用也不可忽视
Q:
比较强的氢键做能量分解静电作用小于极化，极化一般应该是共价作用吧
A:
不同能量分解给出的项不一样，有时候表面上看不同分解方法对物理本质的解读都不一样，但没必要在意那个。
极化就当成是经典的静电极化就够了
----------------------------------------------------
2015.09.11 10:31:55
Q:
[图片][图片]
求助这图是如何画出的，其中数值如何计算出来的
谢谢，这图是如何画出来的
A:
origin
----------------------------------------------------
2015.09.11 10:33:57
Q:
老师，发现VMD改成白色背景、等值面为透明以后有点难看[图片]老师这个是我的软件没设置好还是？谢谢老师
A:
确保已经开了display-rendermode-GLSL
Q:
谢谢老师，但是我打开后是这个样子[图片]好像还是有点难看额[Emoticon]，老师，我应该肿么办？谢谢老师
[图片]
A:
还可以。可以再调调材质，或者看看file-render-tachyon的渲染效果是否更好些
----------------------------------------------------
2015.09.11 10:53:35
Q:
请问密度泛函理论B3YLP/6-311++G**基组这个软件怎么下载，可以帮忙下载吗
A:
B3LYP是理论方法，更具体称作DFT交换相关泛函
6-311++G**是基组
合在一起B3LYP/6-311++G**叫做计算级别。主流量化程序诸如高斯、ORCA、GAMESS全都能在这个级别下计算
----------------------------------------------------
2015.09.11 11:07:43
Q:
大家平时标分子结构的键长时是怎么做的我平常是在做图软件（chemdraw）上自己手动输上去的有没有可以直接标记上去的软件或者大家有什么好的方法呢谢谢了
A:
chemcraft
----------------------------------------------------
2015.09.11 11:26:45
Q:
某个水平的频率校正因子查不到，选一个接近的可以吗？
A:
可以。特别是弥散函数对校正因子的影响几乎可以忽略不计，而且HF成份基本一样的泛函的校正因子差异也会很小。
----------------------------------------------------
2015.09.11 11:37:31
Q:
[图片]请问老师，出现这种问题是什么原因造成的？该怎么解决？
强制收敛？
没用过
A:
还是老生常谈那些
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
[图片]
A:
PBC啊，你换个泛函或者基组
Q:
是PBC
A:
试试HSEh1PBE
----------------------------------------------------
2015.09.11 11:55:18
Q:
问个问题，4颗4核CPU组成的16核心服务器，和2颗8核CPU组成的16核心服务器，哪个性能要好。
[Emoticon]
A:
应该关注具体型号，这么说太空泛了，而且前者性价比明显比后者低得多
Q:
现在4核CPU比8核CPU便宜多了
A:
问题是一般的4核的没法四路运行。你如果买四路XEON最低的4核那种组四路，那就亏大了
Q:
有4核主板呀
4核CPU不可以在4核主板上组成4路运行吗？
A:
CPU支持四核，再加上4核主板，才能四路运行
但是四路的东西CPU和板子都比双路贵得多得多
CPU支持四路，再加上4路主板，才能四路运行
但是四路的东西CPU和板子都比双路贵得多得多
Q:
哦，这样啊。
Intel Xeon E3-1230 v2 这种，能四路运行吗？
A:
不能
Q:
哦，那没办法了，不是好的选择。
A:
四路的XEON型号一般都是E5/E7 4xxx
----------------------------------------------------
2015.09.11 12:31:17
Q:
[图片] 老师，这个能量密度曲线怎么画的？
A:
Statile Multiwfn绘制平面图，选择绘制哈密顿动能密度，算完之后在后处理界面给数据值乘以-1（能量密度就是哈密顿动能密度的负值）。然后再在等值线设定界面里设定颜色即可。
----------------------------------------------------
2015.09.11 12:32:03
Q:
# oniom(b3lyp/genecp:pm6) sp empiricaldispersion=gd3bj 或是# oniom(b3lyp empiricaldispersion=gd3bj/genecp:pm6) sp ，作业都死掉了~[Emoticon]
是ONIOM不支持DFT-D3校正吗?\
但是文献里提到的 at ONIOM(B3LYPD:AMBER)-EE//ONIOM(B3LYP:AMBER)-ME，怎么解呢？
Sob老师，还是我的执行路径输入可能有问题？~@Sobereva
另外，不使用oniom模型，整个体系用DFT-D3测过，正常结束~
但是担心这会和ONIOM(B3LYP-D:PM6)会有误差~
A:
给客服写信求证一下就知道了
----------------------------------------------------
2015.09.11 13:17:47
Q:
好吧~谢谢Sob老师~
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.09.11 14:19:53
Q:
Nuclear repulsion after empirical dispersion term 输出的就是
就是DFT-D校正后的总能量吗？[Emoticon]
A:
显然不是。这只是核互斥能加上DFT-D校正能，把这两个放一起了
Q:
那应该是SCF Done + 校正能？
A:
scf done能量里已经包含色散校正了
Q:
明白了
但是在log文件中没有找到您说的Grimme-D3(BJ) Dispersion energy能量~
A:
[图片]
写上#P
----------------------------------------------------
2015.09.11 14:39:27
Q:
系数矩阵里面，有的轨道系数大于1是怎么回事啊？
这一定不满足归一了啊
A:
归一化条件不是系数平方和，得考虑重叠积分
----------------------------------------------------
2015.09.11 14:40:10
Q:
[图片]请问我使用Multiwfn的aRDG功能计算弱相互作用，然后输出了结果avgRDG.cub，这时，我想对格点进行一些裁剪，所以再次运行了Multiwfn，导入刚刚生成的avgRDG.cub就报错，这个看不懂啊，老师
A:
/bangbangt 文件发给我
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2015.09.11 14:40:10
Q:
老师，multiwfn做AIM分析有没有原子个数限制？
A:
Statile 无
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2015.09.11 15:00:51
Q:
请教sob老师，我想学习一下Gamess，不知道它能否在b3lyp水平计算ESP吗
A:
能
Q:
显示静电势图用高斯view吗
A:
gview当然不能读gamess的输出
具体看你想怎么搞
Q:
多谢老师，能算我就研究下它
A:
gamess产生的.wfn文件放Multiwfn里就能计算和绘制各种静电势曲线、平面、等值面图
如果绘制投影到分子表面上的那种需要再结合VMD
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2015.09.11 15:05:28
Q:
请教Molecular Interaction Potential with polarization（MIPp）翻译成中文是什么？
A:
含极化的分子间相互作用势
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2015.09.11 15:24:34
Q:
老师，请问gauss09输出的分子轨道怎么看[图片]
和手册上的显示不同~~~这个怎么解~~~抓狂
A:
你看看levine的quantum chemistry双原子分子部分，有这些符号的介绍
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2015.09.11 15:24:34
Q:
,请问gaussian里面算PEC周期性，可以一起用TDDFT来算光谱吗？
A:
高斯周期性计算不支持TDDFT
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2015.09.11 15:38:41
Q:
sob老师，我做有机共轭体系的激发态计算，想看看是不是属于电荷转移激发，用Mutiwfn计算了delta_r的值达到9.735 A, 后来计算了integral of overlap of hole-electron 是0.419，hole-electron质心的距离是3.972A, 我觉得electron-hole的交盖很大，但是质心距离也很远，这是电荷转移激发么？
A:
一看electron-hole的图形就知道了。
看定量数据一定要结合图形考察
Q:
我看了图形，激发后，electron和hole都基本分布了整个分子，只是在某些局域部分多一些，有一个转移的趋势，但是没有明显的分开，我觉得是局域激发
A:
那就说有点CT特征呗
是否CT又没有明确的界限
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2015.09.11 16:47:57
Q:
想请问一下多光子吸收跟极化率间是什么样的关系比如说单光子吸收对应的第一超极化率，双光子对应的是第二超极化率？还是说极化率或超极化率跟光子的吸收数量没有关系？
看文献有提到三光子吸收对应的是五阶非线性过程，如果用multiwfn能算得了这么高阶的吗还有四光子的吸收。
A:
不能
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2015.09.11 16:48:38
Q:
用multiwfn查看轨道贡献，-1，all，查看所有的轨道，但是只是从567条轨道开始显示，为什么呢？
[图片]
A:
这是查看基函数，不是查看轨道
Q:
而且，只显示alpha的，beta的也没有啊
A:
把窗口缓冲区加大就可以看到上面的
Q:
在settings里面设置吗？
A:
[图片]
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2015.09.11 16:52:25
Q:
老师，计算速率常数的时候，用KiSTheIP软件，那指前因子也可以用这个得到吗？
A:
可
Q:
老师，我再继续追加一个问题，就是我看数据库中的反应机理，每一步基元反应都有三个参数，指前因子，活化能和温度系数，那我在研究一个反应时，那三个参数都计算得到了，是否意味着我把我所做的所有基元反应组合在一起就能得到这个反应的机理？
A:
对
Q:
谢谢老师！
老师，反应热力学是用来确认反应的可行性，那我在计算每一步基元反应之前是否都需要对其进行热力学的判断？
A:
既然算了TS，反应物/产物结构很容易也就有了，算一下能量很简单的事
而且你计算反应速率常数时怎么着也肯定已经算了反应物的数据
Q:
恩恩，好的。我感觉老师的意思是从TS去得到反应物和产物，不是基于反应物和产物去猜想TS吗？
A:
找TS、极小点结构无定法，应当随机应变。比如TS不好找，那就先把前后的极小点搞出来；如果极小点不好确定但TS相对容易找出来，那就从TS走点IRC再优化。是具体情况而定，反正最终TS和极小点都找全了就行了。
Q:
老师，从TS用IRC找极小点我会，但是，如果不好找TS，先找极小点，那是不是就是得知道反应物和生成物的机构？
A:
对，或者至少先知道一边
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2015.09.11 16:57:13
Q:
请问Multiwfn中原子的编号是从0还是1开始呢？
A:
1
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2015.09.11 17:12:39
Q:
请问，如果想用高斯不自带的溶剂，在结构数据下面空一行，写eps=;epsinf=;RSolv=分别代表什么呢？我查到了一个不常用的溶剂的介电常数，但是不知道填在哪个=后面？[Emoticon]
是放在eps=这里么？那么剩下两个常数去哪里找？
A:
Rsolv不用设，epsinf除非你算激发态、极化率，否则也不用设，或者随便设。你查到的应当是静态介电常数，写在eps后面。
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2015.09.11 17:47:32
Q:
对了，老师，那个反应温度系数怎么得到？我记得我看过文献好像是根据反应性质来在一个范围内取值，对吗？
A:
对此我了解不很多
这跟反应分子特征，还有温度区间有关，可以根据一些已知的情况做一些判断
应该也可以根据实验k(T)关系看哪种反应温度系数能拟合得较好来确定。
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2015.09.11 17:52:39
Q:
老师您好，请问这个图里面的au是表示什么单位？[图片]
A:
电场单位a.u.和V/Angstrom的换算
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=189
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2015.09.11 18:52:54
Q:
广州大学广州发展研究院发布社会蓝皮书,3251份来自广州居民的调查问卷统计显示——
什么样的人最幸福?广州大学广州发展研究院的社会蓝皮书指出,男人比女人幸福,丧偶的比已婚的幸福,博士学历的人最幸福,公务员最幸福,月收入5万元和月收入1000元的幸福指数差不多……有网友看到这样的结果,调侃说,这样看来,广州最幸福的人,应该是一个丧偶的博士学历的没到55岁的广州男公务员。
$丧偶的比已婚的幸福
啊哈哈哈哈哈哈哈哈
这里面没有研究性感和幸福指数的关联度
A:
这么考虑有点过于简单化了
实际上各有一定比例，关键看两条路径的难易程度相差多少。假设两条路径难易程度一样，那么50-50比例走
这里难易程度只是个含糊的形容，具体也不是光看中间体最低、势垒最高这些简单的标准。
如果你把每一步基元反应的速率常数算出来，那么可以列个方程求解从而模拟出不同中间体在实际反应过程的浓度，这样走两条路径的比例也就确切知道了
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2015.09.11 19:13:16
Q:
请问势能面扫面后的最低点，还需要进行优化吗[图片]
A:
需要
Q:
这不是最小值吗
不是的呀有可能在附近
A:
扫描步长是固定的，又不可能恰好落在优化后的几何参数上
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2015.09.11 20:04:36
Q:
那不一定有一位伟人说过 $二次元是我的故乡和归宿
人被降维就变成两块了
A:
二维和二次元不是一码事
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2015.09.11 20:40:16
Q:
[图片]请问这种图用什么软件画啊
origin
origin不是画的都是去西安吗
A:
发现这也成了至少是周经问题了
Q:
哈哈哈哈日经问题是老师老师不收敛!!!
A:
不收敛是日经问题
Q:
不好意思
A:
给能用的google/google学术连接也算周经问题
Q:
突然意识到那些看到关键词了就智能回复也是有用的
自动回复
A:
最该弄自动回复功能的是“好吧”
尽管做了个图已经比每次手动敲字方便多了
如果QQ群能增加个命令行界面，在里面执行一些自编的程序就好了。
比如自动回复、触发规则自动禁言、定期自动清理长期不发言人员、自动定期发公告信息等等
Q:
现在只有一个忙碌自动回复的吧。。。
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2015.09.11 20:50:39
Q:
计算的CT将xxx-gs.diff.cube用写字板打开后出现这种情况[图片]是咋了啊？
A:
正常
不清楚格式看此文
Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用
http://sobereva.com/125
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2015.09.11 20:53:56
Q:
我的电脑安了window10 独立显卡不能驱动怎么回事
有了群之后很多人碰到问题第一反应不是自己查而是到群里问因为反正不是麻烦自己，这种心理并不好
重新下个新驱动
哈哈哈哈看在我帮你回答问题的份儿上允许我笑你一下
win10时尚时尚最时尚哈哈哈哈哈
问度娘了也重装驱动了还是装不上不知道还有哪里可以排查原因
装不上是什么
独立显卡驱动装不上
所有关于win10的问题都可以用一句滚回win8/7/更早来解决
A:
+1
Q:
好主意谢谢大神等过段时间重装系统安window8 驱动安好再升级成10
A:
新出的东西没稳定前别急着尝鲜，尝鲜到虚拟机里尝
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2015.09.11 21:02:03
Q:
老师好，高斯可以模拟蛋白质环境吗
A:
可以
Q:
关键词怎么写呢
A:
用ONIOM
或者把附近的残基截出来构造个模型体系
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2015.09.11 21:08:00
Q:
老师，其实一直想问你是男的还是女的[Emoticon]
A:
[图片]
[图片]
触犯群规第六条
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2015.09.11 21:15:41
Q:
请问我做了NBO分析生成Fchk后用wultiwfn 找孤对电子的轨道？怎么找？
A:
我没听说过wultiwfn
Q:
multiwfn
http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=4337882
A:
用Multiwfn看轨道图形
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
Q:
老师我是看了您的这篇帖子
A:
什么帖子？
我不会点击小木虫的连接的
Q:
对我就是看的您的这篇帖子因为我的体系有960个轨道太多了总不能一个一个找吧？
A:
你从NBO模块输出信息里找到相应的孤对电子的编号，然后用Multiwfn看相应编号的NBO，就这么简单
用NBOplot文件作为输入文件，省得序号重排
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2015.09.11 21:23:49
Q:
求助有个错误
TCursr= 2832 LCursr= 0
Error reading general basis specification.
Error termination via Lnk1e in /public3/home/external/gansu/guser003/Program/g09/l301.exe at Fri Sep 11 17:12:24 2015.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 43.6 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 64 Int= 0 D2E= 0 Chk= 4 Scr= 4
我的输入基组是
C N O S H 0
6-31G**
****
I 0
LANL2TZ
****
-C -N -O -S -H -I 0
LANL2TZ
错哪了求各位大神指点
你用了个什么非主流基组吧
A:
EMSL上自行拷Lanl2TZ的定义，高斯没内置
-C -N -O -S -H -I 0改成I 0
Q:
老师 [图片] 我想看对电子的轨道应该输入什么序号？
A:
I应当用Lanl08或Lanl08d
Q:
Ｃ　Ｈ　Ｏ　Ｎ　Ｓ元素有木有ＬＡＮＬ２ＴＺ基组
A:
博文里写得很清楚，照着例子做
Q:
老师
A:
别用它
前三周期甭考虑赝势基组
大家回答吧，不完整的我再补充
勤奋的话把群共享里的基组入门资料小合集看了
Q:
triple好像是三的意思说明从很多里面选择这种三的zeta basis吧
A:
[图片]
[图片]
看了小合集后基组方面就不会被误导咯
Q:
反正我觉得the tiple zeta basis set 应该是个量化的现有的东西[Emoticon]不要嘲笑我
[Emoticon]你说这些我听不懂以后有机会好好学习一下
A:
[图片]
[图片]
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2015.09.11 21:23:49
Q:
老师，能量密度梯度为0
的点有什么特别的意义吗
A:
无
Q:
那不就说这点没什么用了
A:
物理上能找点意义来，然而实际问题分析中并没有什么梨琴用
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2015.09.11 22:22:40
Q:
差分电荷密度图的单位是什么啊，是真的电荷密度吗
谢谢各位大神帮忙解释一下
A:
a.u.
Q:
a.u./Å3 吗
还是每波尔啊
A:
1a.u.=|e|/bohr^3
Q:
[图片]
A:
不同程序用的单位不一样
Multiwfn就是我说的
用|e|/A^3的程序也有
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2015.09.12 08:21:07
Q:
请教sob老师如何让高斯打印internal coordinate forces?
A:
坐标用内坐标表示，然后写force关键词即可
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2015.09.12 09:32:12
Q:
[图片]老师，这个图怎么画的，也是multiwfn吗？
@Sobereva
有可能
我想想看，我看文献中是和能量密度等值线图放在一块的，所以我就问一下是不是multiwfn画的，我也知道讲得讲的时候没有明确的例子，所以不太清楚，就问一下
A:
Statile 先确定是什么图。
看起来像ELF或者ELI的吸引子的图，前者用Multiwfn的盆分析功能做ELF拓扑分析然后在图形界面里就能直接看到
Q:
说的是能量密度的三维图
A:
不会的，能量密度等值面绝对不是这样
除非你是指能量密度的吸引子
但吸引子也不像这种图
肯定理解得不对
Q:
[图片]
他那就说是拓扑分析能量密度的3D视图
A:
那你就做呗
不过并没什么卵用
Q:
我也举得不是很有用，只是想知道怎么画的
A:
Multiwfn就行
把自定义函数设成能量密度，然后拓扑分析功能里选择分析自定义函数，然后用选项6搜索临界点，完事后再选0观看就成了
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2015.09.12 13:15:24
Q:
请教一下 gaussian 09里边 PBC 可以算能带吗？
A:
可以，但不好用
Q:
不好用是不能算出来还是算的不对
我想在这里这里算 Si体结构的gap
A:
能算，绘图麻烦
Q:
不知道能不能实现
只需要gap 是不是不用画能带读数据就可以判断了
A:
是的
Q:
可不可以给个输入文件的例子？非常感谢啊！
A:
[图片]
Q:
算能带不需要关键词吗
# b3lyp/6-31g* iop(5/13=1,2/16=1) PBC(NKPOINT=8)
****
0 1
Si 0.000000 0.0000000 0.00000
Si 1.367500 1.3675000 1.36750
TV 2.735000 2.7350000 0.00000
TV 0.000000 2.7350000 2.73500
TV 2.735000 0.0000000 2.73500
我这样写对不对呢？
A:
输出文件中直接能读gap
什么其它的也不用写
Q:
不用设置K点？
A:
自动设
永远地忘掉万恶的5/13=1吧！
Q:
这里算能带不需要像vasp一样先算一遍能量,然后读入电荷密度和能带的K点,算
A:
不用
Q:
你的输入文件后边的auto就是自动设置的意思吗
A:
自动构建密度拟合基组
看手册
Q:
像我这个设置 20核的话计算时间大概得多久？
谢谢群主另外请教一下群主结果怎么看呢
A:
很快就算完，一测就知道。
不清楚的地方看Solid State Calculations Using gaussian-The Definitive Guide to G09 PBC Calculations，网上一搜就有，不过里面的很多特征在当前版本里都没有。
绘制一维体系能带不用给k点定义，同时写IOp(5/33=3)会最后输出每个k点的最高5个占据轨道和最低5个空轨道的能量，拿它绘图就完了。
二维三维PBC需要用band.inp来提供k点路径，不过貌似当前版本还行不通。所以高斯PBC非常弱。
输出文件里搜indirect gap就行了
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2015.09.12 16:28:53
Q:
低自旋态写S=1可以吗
是s=0 I=1吗？三重态呢
A:
[图片]
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2015.09.12 16:34:06
Q:
嗯嗯懂了 2s+1 但不知道期望S^2干嘛的
A:
量化程序会输出S^2期望值<S**2>，和上面列出的理想值对比，可以用于考察算出来的波函数对应哪个自旋态、双自由基特征、自旋污染程度等等问题。
Q:
[Emoticon]老师这个期望没有Σ运算吗只是S(S+1)这样嘛
A:
S(S+1)是理想值，不是期望值
----------------------------------------------------
2015.09.13 21:03:16
Q:
那两个虚频中有一个是我要的
A:
calcall
----------------------------------------------------
2015.09.14 09:49:05
Q:
请问一下，用关键词volume计算出来的Molar volume跟我们平时说的摩尔体积有什么区别？
A:
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102
直接给出来的只是根据单个分子体积换算出来的摩尔体积，根本不准
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2015.09.14 09:49:39
Q:
老师快出来管理一下
[图片]
A:
踢了
----------------------------------------------------
2015.09.14 09:51:43
Q:
老师您好我想问一下，用multiwfn计算的the electron density (ρ), its Laplacian (∇2ρ), the ellipticity, ε and electronic energy density (H(r) 的单位是什么啊
A:
a.u.
仔细看，屏幕上都有提示
----------------------------------------------------
2015.09.14 10:01:36
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
就两个问题：一个是优化MECP算法（算法本身并不区分是否自旋多重度相同），一个是量化程序中描述两个态能量
----------------------------------------------------
2015.09.12 16:46:15
Q:
噢！
[图片]
老师你还开班吗？
我想报名
A:
明年
夏季或秋季
Q:
[Emoticon]老师上课是不是就可以见到你了他们说你是个美女
A:
不要听信谣言
希望参加培训的都是真正想学知识的，而不是凑热闹、陪同学或者顺便来帝都玩一趟的心态
----------------------------------------------------
2015.09.12 20:23:59
Q:
输入文件命令找过渡态%chk=12sipy4ts16.chk
%nprocshared=8
%mem=16GB
#p opt=(calcfc,ts,cartesian,noeigen) freq b3lyp/genecp int=ultrafine
输出报错 %chk=12sipy4ts16.chk
%nprocshared=8
Will use up to 8 processors via shared memory.
%mem=16GB
----------------------------------------------------------------------
# opt=(calcfc,ts,cartesian,noeigen) opt=gdiis freq b3lyp/genecp int=ul
trafine
----------------------------------------------------------------------
Illegal IType or MSType generated by parse.
Error termination via Lnk1e in /home/dell/soft/g09/l1.exe at Sat Sep 12 20:21:28 2015.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.3 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
请问老师如何解决
#p opt=(calcfc,ts,cartesian,noeigen，gdiis) freq b3lyp/genecp 可以吗，老师
解决了，谢谢老师
A:
[图片]
opt别写两个
----------------------------------------------------
2015.09.12 20:33:21
Q:
老师，一般什么情况下才用得到iop(5/13=1)?
A:
什么时候都不用
除非进精神病院的时候
[图片]
Q:
我们老师昨天教训我说我几何优化的时候不加iop(5/13=1)是错误的
还说这个有助于SCF收敛
我都快哭了
老师快教教我怎么反驳吧
A:
不加就完了，何必反驳
----------------------------------------------------
2015.09.12 20:33:21
Q:
老师，我优化一个几何，得到4个YES之后做频率，结果计算完成后得到了两个NO，而且其中最大位移已经超过了阈值的十倍还要多，方均根位移也打了两倍，但是没有虚频，请问这个结果还可靠吗？
A:
培训班时候讲过，只要在极小点附近二次区域内都没虚频，所以没虚频根本说明不了结构精度高
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
tight之后如果能满足normal收敛限或者不超过其2倍就行
最好都别超过2倍
如果对结构精度要求不高，都能满足loose也可以
Q:
也就是说，没有虚频就可以接受是吗
A:
可
Q:
一般来说还是要看4个YES的
A:
非要让normal下能四个YES，就在tight下优化，若收敛了一般也肯定满足normal的四个标准了
脱离问题空谈YES/NO很没意思
----------------------------------------------------
2015.09.12 20:44:51
Q:
请教sob老师，我用gamess对金属原子用Huzinaga基组做eda，一直提示出错，基组是粘好的。[图片]
A:
肯定格式不对
Q:
是基组的输入格式吗老师？
A:
去掉空行
----------------------------------------------------
2015.09.12 20:44:51
Q:
请问一下在linux下b2plypd3/aug-cc-pvtz在输入文件中怎么写?
A:
b2plyp/aug-cc-pvtz empiricaldispersion=GD3
Q:
我按上边写好复制到linux下，输出文件给的是语法错误
A:
哪个g09版本
D.01才能这么写
之前的版本只能支持对B2PLYP做DFT-D2校正，写成B2PLYPD
Q:
[Emoticon]是有相应的关键词吗？
就是Gaussian09呀
A:
D.01那么写绝对没问题
那种报错说明一定不是D.01
----------------------------------------------------
2015.09.12 21:13:20
Q:
SOB老师，我想计算的是络合键，没有成共价键的，也可以计算其键能吗？求方法[Emoticon]
A:
都一样
整体能量减去两个片段能量
----------------------------------------------------
2015.09.12 21:37:43
Q:
请问一下，除了扫描势能面，有没有什么办法通过波函数分析知道键的弹性？就像谐振子模型描述的那种一样
A:
振动分析，然后提取出对应键的力常数
----------------------------------------------------
2015.09.13 08:45:06
Q:
请问老师，怎么用multiwfn计算看一个分子的静电势正负分布，除了结合vmd这个方法，只用multiwfn可以做出来吗？
A:
取决于你具体怎么考察，你问得过于含糊
想作什么样的图、得到什么样的数据，必须明确这些
静电势只是个函数，有N多种考察、表征其分布的方式，不同方式用到的功能也完全不同
Q:
嗯呢，比如想看一下水分子正静电势区域集中在哪里，就像您在帖子中说可以大概通过苯酚的正负静电势区域分布，来大概推测其二聚体稳定构型，谢谢老师
A:
静电势为正的区域绝大部分都在原子核附近，因为这部分区域总是原子核电荷所主导，这没什么化学意义。
一般考察的是分子范德华表面的静电势分布。用主功能12做静电势的定量分子表面分析就能得到分子表面静电势极大、极小点位置并且可以直接观看
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
仅在绘制静电势填色的范德华表面图的时候才需要结合VMD
----------------------------------------------------
2015.09.13 09:25:05
Q:
请问各位老师，orca是不是最多识别8个核啊
A:
否
写%pal nprocs x end，x是调用的核数，无上限
Q:
我写的是8，但运行过程大部分用2个核，casscf方法！
A:
和模块有关系
Q:
我感觉好像跟模块有关系！谢谢！
另外multwfn能执行TD-ELF吗？
A:
不能
Q:
谢谢sob老师！
A:
若做AIMD，得到每帧对应的波函数，然后用Mutliwfn挨个计算ELF，这种层面的TD-ELF倒是可以。
----------------------------------------------------
2015.09.13 09:35:30
Q:
好的，非常感谢！
sob老师，用orca找相同自旋态的圆锥交叉点是不是只能用casscf方法，tddft可以吗？
A:
不适合
Q:
orca中的mecp只使用于不同自旋态的mecp吗？
A:
大抵吧
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2015.09.13 10:14:09
A:
求一篇比较难搞的文献，Current Organic Synthesis的，sci-hub无效。谢谢
http://benthamscience.com/journals/current-organic-synthesis/article/132841/
Q:
老师，是这篇吗？[图片]这个键面是不是表示我这也下不了[Emoticon]
A:
对，你也没权限
谢谢，不过我需要的不是封面，而是文章本体
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2015.09.13 11:22:06
Q:
群里有做量化的妹子嘛
A:
不要在这里表现出自己对异性的饥渴
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2015.09.13 11:36:06
Q:
请问各位老师，结构优化出现 GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
Tors failed for dihedral 2 - 1 - 5 - 3
FormBX had a problem.
Error termination via Lnk1e in d:\guassian09\l103.exe 我自己在网上看说需要添加虚原子，避免180度，但是把虚原子夹在哪一个位置呢？
A:
opt=cartesian
Q:
不需要加什么虚原子的，直接用opt=cartesian这个就可以了吗？
A:
恩
Q:
请教各位老师，在ubuntu下计算得到了chk文件，结果copy到window下打不开，用formchk.exe也转换不了。是怎么回事？ [图片]
那在多问一句，这个虚原子的作用是什么呢？怎么用呢？
A:
在哪台机子上算的chk就在哪转换成fch
Q:
就是避免180°的
A:
另外往往还能使体系以对称等价方式书写内坐标
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2015.09.13 11:37:02
Q:
请问，使用int=ultrafine 和SCF=NoVarAcc 的效果有什么区别？
A:
意义不同，前者是提升泛函积分格点密度，后者是避免SCF前期对双电子积分的一些近似计算以减少耗时
Q:
[图片]
[图片]
请问，在后期的话，int=ultrafine效果会更显著吗？再配合SCF=noincfock的意义是什么呢？谢谢。
A:
没法说显不显著，这是完全从不同角度降低不收敛的可能性，不是互斥的
noincfock代表不用incremental fock方式来近似更新Fock矩阵以降低耗时，而是每一轮都完整从头构建Fock矩阵
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2015.09.13 13:17:40
Q:
老师：VMD中怎么可以让因为距离远没有显示出键的原子显示出化学键了呢？谢谢老师
A:
mouse-add/remove bonds
然后点两个原子
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2015.09.13 14:32:12
Q:
麻烦大家帮忙下篇文献http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0040403900866939谢谢！
A:
[图片]
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2015.09.13 14:36:20
Q:
请问老师们，做Ts中的Total energy走势如图[图片]，正常结束，结果有一个虚频，看虚频的振动方式也对。然后做了IRC路径分析，发现左边连接的确实产物，右边连接的是反应物
IRC路径分析图[图片]，请问我这个情况是为什么呢？我可不可以认为反应是有效的正确的？
A:
正确
Q:
sob老师，那我想法中左边是反应物右边是产物是不对的？
sob老师，刚刚这个IRC图里有一小波动，这是什么原因？对于验证过渡态的正确与否没有影响么
A:
数值问题，不用管
Q:
恩恩
老师，IRC路径分析两边连着反应物和产物，没有方向性，是吗？
A:
哪边是反应物哪边是产物程序不知道，你自行根据结构判断
Q:
哦哦，原来这样，只要两边连得是反应物和产物就行了，对吧
A:
恩
Q:
哦哦，太感谢了，谢谢老师。还有一个问题，在ts的能量曲线中，曲线是下降的然后平稳了。咱们说的ts的能量是比反应物和产物要高的，我理解曲线是不是应该先上升后平稳呢？还是说ts也是在寻找一个和我输入结构相近的稳定的结构啊？
A:
“ts的能量曲线”指什么？优化TS过程的能量变化？
Q:
ts的能量曲线[图片]
A:
是在寻找一个和你输入结构相近的一阶鞍点
这个过程能量是升是降都有可能，看你初始结构
Q:
那就是这个曲线也是要先下降后平稳的才对，是八
是吧
A:
不是
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2015.09.13 15:06:24
Q:
[图片] 老师，我这个结构已经优化了快一个月了，请问这个还有可能收敛么？
A:
如果不懂原理没经验就按推荐的顺序试，懂原理有经验就结合输出文件的能量随迭代的变化判断最适合的方法。
首先，你的计算级别就不合适，平均一天才一步，暴力
收敛无望
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2015.09.13 15:41:12
Q:
请问谁有 Multiwfn的入门教程我刚开始接触这方面不懂的太多想自学一下
A:
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
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2015.09.13 15:42:54
Q:
老师，我要计算水中某物质结构的能量，是不是一开始就要在溶剂效应下优化结构，加上scrf关键词。还是现在气中优化，再计算能量
A:
这无所谓，结构差异通常很小。差异大的话应当用前者。
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2015.09.13 16:01:50
Q:
老师，同一个体系优化，一开始SCF不收敛，然后我尝试了好几种方法去改进，有几种方法能优化出来，这几个结果究竟哪个可取，是不是一般看能量最稳定便可？
A:
只要那几种处理方式所得能量有可比性，就用能量最低的
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2015.09.13 16:12:03
Q:
[图片]
请问一下Sob老师，我在Exploring Chemistry with Electronic Structure Method那书中也看到了用pop关键词的输出文件进行轨道与成键的分析，那这里如您所说如果不是我们所熟知的那5种d轨道，这样的分析是否合理？
A:
不明白你的意思
Q:
您这里说的5个真实的复数型原子轨道，是说诸如结构化学书上关于那5种d轨道的意思吗？
也就是说高斯中用5d关键词输出的xy、yz、xz、x^2-y^2、3*z^2-r^2和结构化学书上xy、yz、xz、x^2-y^2、z^2那5种原子轨道不是一回事？
A:
基函数本身就和原子轨道不可能是一回事，没有直接拿原子轨道当基函数做量化计算的，尤其是高斯型基函数，径向特征和原子轨道差异极大。
对于5d型高斯基函数，角度部分和5个d原子轨道是完全对应的，都是球谐函数。
Q:
明白了，是说，角度对应，形状相同，但是基函数不等于原子轨道的意思吗？
A:
恩
径向完全不同
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2015.09.13 16:20:33
Q:
老师请问您一个问题就是我opt优化是用的B3LYP 但是算发射M062X计算的发射波长比较吻合所有计算都是在溶剂中进行的我想考虑非平衡溶剂那么我write=noneq这一步应该用B3LYP 还是M062X呢
A:
M062X
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2015.09.13 16:33:31
Q:
有谁能帮忙解释一下电子密度的(3,-3)及(3,-1)临界点！或者告诉我在哪里可以看到解释！我刚接触这方面，不懂
(3,-3) (3,-1)代表什么意思啊？
A:
AIM学习资料和重要文献合集
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362
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2015.09.13 19:07:10
Q:
请问一下，Multiwfn中看轨道形状，开壳层情况的图是α电子还是β电子的还是两者做了什么处理的？
……应该都是α的
A:
刚载入文件时屏幕上就提示了那些轨道编号范围事alpha哪些是beta
进主功能0后左上角选显示所有轨道的时候也明确提示了轨道是什么自旋
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2015.09.13 19:08:11
Q:
linux版Multiwfn如何启动啊[Emoticon][Emoticon]
A:
./Multiwfn
Q:
[图片] 大神，这是怎么了？
A:
增加可执行权限
Q:
哦，懂了
[图片]大神牛逼
A:
把multiwfn好好放在一个目录里，别扔到bin里
Q:
[图片]这是怎么回事呢！谁能解惑
A:
用Windows版，确保没问题
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2015.09.13 19:53:45
Q:
ππ堆积相互作用一般是范德华力有没有类似详细介绍这个的文献呢？谢谢老师
A:
翻9月10号上午的聊天记录，讨论了很多
Q:
老师说在ππ堆积作用中电荷转移很小几乎可以忽略，我做出的结果也是这个样子的，请问一下有没有具体的文献支持一下这样的观点呢？谢谢老师
A:
看看此文吧
J Mol Model (2015) 21:52
此文主张把电荷转移等过多的概念从非共价相互作用讨论中剔除，我也比较赞同。琐杂零碎的概念越少越好。
Q:
电荷转移的问题在静电主导的相互作用中还是挺明显的，也有一方面意义值得研究，但是在范德华复合物中电荷转移就不是有意义，这个从哪方面解释呢？我看了您说的那篇文献了谢谢老师@Sobereva
A:
本来就没什么会发生转移的原因
色散作用来自于电子相关，本来作用距离也相对较远，分子之间空轨道和占据轨道的混合又很弱
电荷转移这种概念对于范德华作用来说是完完全全多余的
很多文章把原本就是经典概念里的静电极化非得说成电荷转移然后还专门弄出来个能量项，我都不怎么欣赏
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2015.09.13 20:42:25
Q:
我想在自己的电脑上安装NBO6, 但需要安装MKL intel thread，如何获得MKL intel thread?
A:
linux下你装了MKL就行了，ifort包里往往自带着
Q:
我的机子系统是Windows
A:
windows就算了，麻烦着呢
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2015.09.13 20:53:49
Q:
过渡态ts算出两个虚频，[图片]怎么消除呢？
A:
你这明显不是TS
这么小的虚频一般都是对应整体运动
Q:
虚频小了也不行吗？是ts的结果
#p opt=(calcfc,ts,maxcyc=300,cartesian,noeigen) freq=noraman b3lyp/gen int=ultrafine pseudo=read
A:
不要认为opt=TS就一定能给你TS结构
Q:
哦哦，那么sob老师，对于我现在的问题，我该怎么做呢？修改我的输入结构吗？
A:
是不是你要的TS一看振动模式自然就知道，当前情况绝对不是
改初猜
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2015.09.14 09:55:45
Q:
单重态-单重态的 MECP，有什么较好的方法做？
想考察双自由基单重态到非自由基单重态的变化
体系大， cas之类的不用想
A:
用sobMECP程序就可以。对任意两个态，只要你在计算中能用关键词描述出来，就能寻找MECP。只不过默认代码中假定最终两个态会交叉上，判断阈值中有个能量差小于一定值的标准，对于自旋多重度相同的交叉实际上会有分裂，这个阈值去掉就行了。
Q:
这个程序是最近写的？
貌似基础班没提到这个程序
做两个自旋多重度的MECP应该不太难，都是单重态有点麻烦
A:
使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286
Q:
特别是双自由基的态
A:
其实算法都是完全一样的
中级班才会讲这个。因为基础班的内容已经太多了。
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2015.09.14 10:04:42
Q:
sob 老师， gromacs的班是下半年开么？我有兴趣
A:
预计明年春季
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2015.09.14 10:05:15
Q:
双自由基的态 gaussian 特别容易回到非双自由基的单重态，不过我确定双自由基的态是基态
A:
可以先用HF，这样双自由基态更容易出现
和程序本身倒是没什么关系
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2015.09.14 10:09:34
Q:
请问，用Multiwfn做分子从基态到第一激发态的电荷密度差，用GV打开.cub文件，图上为什么没有显示
是输入文件出错了嘛
A:
如果你在Multiwfn里直接观看等值面正常，说明你在gv里操作不对
你不设定显示等值面自然不会直接显示出来
Q:
设置了，别的分子都能正常显示，唯独只有一个不行
A:
Multiwfn、VMD里载入cube后都能正常显示的话就是gv的问题
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2015.09.14 10:28:15
A:
昨天文献没求成功，再求一次，sci-hub无效。谢谢
http://benthamscience.com/journals/current-organic-synthesis/article/132841/
今天也没人能下就放弃了
Q:
The Povarov Reaction as a Versatile Strategy for the Preparation of 1, 2, 3, 4-Tetrahydroquinoline Derivatives: An Overview
A:
碳纳米管(30672189) 10:31:26
The Povarov Reaction as a Versatile Strategy for the Preparation of 1, 2, 3, 4-Tetrahydroquinoline Derivatives: An Overview
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2015.09.14 12:49:32
Q:
我以前也遇到过，把收敛标准放低
conver（scf=6）
scf（conver=6）
int=ultrafine写上和 maxscf写到2000（意思就是比128多）
A:
都是数值巧合
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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2015.09.09 10 ~ 2015.09.14 12 （含既往全文）

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