求助，能量最小化后，如何利用位置限定指定的水分子

15589655705 · 发表于 Post on 2022-5-26 15:50:03

本帖最后由 15589655705 于 2022-5-27 09:39 编辑

大家好，在gromacs中，我的体系是一个金颗粒放在水盒子里，位置限定金颗粒于盒子中心，平底位置限定外圈的500个水分子

具体的位置限定和平底限定目的：
10*10*10的充满水的盒子，直径2nm的金颗粒位置限定在中心（5, 5, 5）处，
在中心为球心直径9nm的球形之外的500个水分子，施加平底限定，保持他们一直位于该球形之外，以此模拟一个类似非平衡的情况

能量最小化后，怎样同时利用位置限定金颗粒，平底位置限定外圈水分子呢？

我尝试将外圈500个水分子重新定义为一个新的普通配体wat，但是目前nvt根本跑不了，log文件里报错如下

Fatal error:
Step 100: The total potential energy is nan, which is not finite. The LJ and
electrostatic contributions to the energy are 0 and 0, respectively. A
non-finite potential energy can be caused by overlapping interactions in
bonded interactions or very large or Nan coordinate values. Usually this is
caused by a badly- or non-equilibrated initial configuration, incorrect
interactions or parameters in the topology.

文件上传如下，截图如下，

au.itp (195.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

posre.itp (179 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

posre_wat.itp (115 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

topol.top (396 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5)

nvt.mdp (2.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

em.rar (907.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

wat.itp (482 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

15589655705 · 发表于 Post on 2022-5-26 15:56:23

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-26 20:18:42

15589655705 发表于 2022-5-26 15:56

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
贴截图远不如上传压缩后的结构文件，光贴个文件内容局部截图谁也不知道体系长什么样

说清楚当前干嘛要加平底限制势，想达到什么特殊目的

15589655705 · 发表于 Post on 2022-5-27 09:36:30

sobereva 发表于 2022-5-26 20:18
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

sob老师请再看一下，已按要求编辑了原帖，新上传了gro文件，说清了施加平地限制的原因和目的，谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-28 02:42:35

从你描述的目的来看，你的情况应当用[ distance_restraints ]而不是[ position_restraints ]，后者限制的是XYZ方向的运动而不是冲着金颗粒中央方向的运动。应当用前者给特定部分的水施加距离金颗粒中央的金原子的平底势

15589655705 · 发表于 Post on 2022-6-2 10:59:43

sobereva 发表于 2022-5-28 02:42
从你描述的目的来看，你的情况应当用[ distance_restraints ]而不是[ position_restraints ]，后者限制的是 ...

sob老师，限制段落紧接着写在被限制分子的.itp后面，[ distance_restraints ]只能包含被限制分子原子号啊，那怎样定义金颗粒中央的金原子的位置呢，请老师看下谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-3 03:34:39

15589655705 发表于 2022-6-2 10:59
sob老师，限制段落紧接着写在被限制分子的.itp后面，[ distance_restraints ]只能包含被限制分子原子号 ...

在[ intermolecular_interactions ] 字段里写，用全局原子序号

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