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[GROMACS] 求助Gromacs跑蛋白-磷脂体系MD程序崩溃,调试几天无果

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我用charmm-gui给蛋白加的磷脂,平衡有6步,没有出错。
Gromacs跑MD程序结果:




仔细阅读了sob老师的帖子,尝试了逐步升温(50K,100K),
域分解(-ntmpi 1)等等,程序调试几天,无果。先将mdp文件
和结构文件上传。求助解决方案。谢谢!

step7_production.mdp

1.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

MD的输入文件

topol.top

1.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

拓扑结构

step6.6_equilibration.gro.zip

9.61 MB, 下载次数 Times of downloads: 1

gro文件

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发表于 Post on 2022-6-3 03:59:31 | 只看该作者 Only view this author
照着这里说的排查
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

诸如先确保蛋白质、磷脂都能单独正常模拟,再说混合的事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2022-6-3 13:50:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lonemen 于 2022-6-3 13:52 编辑

charmm-gui的模型经常会崩溃,我也经常遇到。要不重新再建模试试?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-6 11:31:12 | 只看该作者 Only view this author
lonemen 发表于 2022-6-3 13:50
charmm-gui的模型经常会崩溃,我也经常遇到。要不重新再建模试试?

我也在想要不要重新建模?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-6 11:35:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-3 03:59
照着这里说的排查
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

我是照着这里排查的。我的蛋白质加上小分子模拟正常,加完磷脂模拟正常,然后换了一个小分子加磷脂模拟崩溃,如果从宏观上看,是新加的这个小分子的问题。你的建议是?

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