windows系统下用genmixmem.exe生成了mixmem.pdb文件，但mixmem.txt的磷脂名称少字母

free3hao · 发表于 Post on 2022-6-5 14:15:30

在windows系统下用genmixmem.exe生成了DMPC/POPC/POPE三者的mixmem.pdb文件，但mixmem.txt文件的磷脂名称变成DMP/POP/POP，后续用mixmem.pdb生成拓扑文件的时候总出现问题。input文件如下图：

mixmem.txt文件

尝试过手动加字母，但加完以后会出现其它问题

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-5 15:58:11

本来标准pdb格式的残基名就应当是三个字符，如果输入的pdb里不是，自己改成三个字符再用genmixmem

free3hao · 发表于 Post on 2022-6-5 16:02:45

好的，谢谢社长。

free3hao · 发表于 Post on 2022-6-5 18:03:31

改过名字，将POPC改为POP，但是运行pdb2gmx程序，仍出现这样的错误
@sobereva ，请问应该改哪里？

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-6 05:17:37

free3hao 发表于 2022-6-5 18:03
改过名字，将POPC改为POP，但是运行pdb2gmx程序，仍出现这样的错误
@sobereva ，请问应该改哪里？

要搞清楚pdb2gmx的运行规则、rtp是干什么的
rtp里没有POP残基的定义自然没法用pdb2gmx读入

看此文末尾说的常规的模拟方式
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245

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[GROMACS] windows系统下用genmixmem.exe生成了mixmem.pdb文件，但mixmem.txt的磷脂名称少字母