已解决：胶束长轴和短轴的尺寸计算

wyfgg · 发表于 Post on 2022-6-7 16:38:01

本帖最后由 wyfgg 于 2022-6-8 23:44 编辑

老师好，我想请教一下如何在Gromacs中计算胶束长轴和短轴的尺寸？
我在手册里找到gmx principal命令，然后使用索引文件指定要计算的聚合物分子组

gmx principal -s md2.tpr -f md50nsn.xtc -n index2.ndx -a1 paxis1.xvg -a2 paxis2.xvg -a3 paxis3.xvg -om moi.xvg

复制代码

参考李老师的文档：gmx principal: 计算一组原子的惯性主轴 gmx principal用于计算一组原子的三个惯性主轴.
paxis1中包含了每一帧第一(主)轴的x/y/z分量,
paxis2中包含中间轴的x/y/z分量,
paxis3中包含最小轴的x/y/z分量.
我把3个文件paxis第一帧的x/y/z分量放在Origin里面，也很奇怪，不清楚如何去处理这些数据。这些文件是用于计算胶束尺寸的吗？如何去理解这些输出文件呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-8 06:23:06

这是最方便的：
使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴
http://sobereva.com/426（http://bbs.keinsci.com/thread-10226-1-1.html）

wyfgg · 发表于 Post on 2022-6-8 12:13:56

sobereva 发表于 2022-6-8 06:23
这是最方便的：
使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴
http://sobereva.com/426（http://bbs. ...

谢谢老师！请问Multiwfn也可以计算多个聚合物分子形成的聚集体的长宽高及主轴吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-8 13:49:38

wyfgg 发表于 2022-6-8 12:13
谢谢老师！请问Multiwfn也可以计算多个聚合物分子形成的聚集体的长宽高及主轴吗？

可以

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