联用Gromacs和plumed对DNA进行模拟时，plumed文件的order parameter如何定义的问题

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参考文献是研究DNA杂交的自由能，通过在plumed中定义一个Qinter，并对Qinter施加WTM（metafynamics)从而估计自由能。Qinter的定义如下 ，其中Nnb，r，lamda都是定值，Atom i是来自A链上的原子，Atom j是来自B链上的原子，rij就是指A链上的原子i和B链上原子j的距离。rij0是给定参考结构的参考距离。

关于这个plumed文件，我的思路是先表示出这个rij，然后用CUSTOM的方法表示出Qinter，再将rij带入。但是用DISTANCE的方法的一次只能表示出一对原子的距离，操作起来很难实现。DISTANCS FROM REFERENCE CONFIGURATIONS的功能主要是对RMSD做文章，和两条链原子之间的距离不太符合。
想求助一下如何表示出这个rij和rij0并搞出这个Qinter。

Daniel_Arndt

你的这个collective variable的右半部分有点像plumed的switchingfunction里面的Q。

https://www.plumed.org/doc-v2.7/ ... tchingfunction.html

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Daniel_Arndt 发表于 2022-6-9 02:59
你的这个collective variable的右半部分有点像plumed的switchingfunction里面的Q。

https://www.plumed. ...

谢谢老师，没有看过这个模块，我再去研究一下！