求助gromacs2018版本删除了trr文件该如何进行程序续跑

zhijiu · 发表于 Post on 2022-6-27 22:00:29

请问各位老师同学，我程序跑一半断了，想进行续跑，我的log，edr，cpt，xtc文件都有，但是我把trr删除了，我用的是2018版的gromacs，我使用convert-tpr在原先tpr基础上生成了一个新的tpr，但是提交脚本后，还是提示，没有trr文件，跑不了，这个可以解决吗？还是只能从头开始跑？

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-27 23:13:19

加上-noappend，不让程序在原有文件上续写

lonemen · 发表于 Post on 2022-6-27 23:32:21

sobereva 发表于 2022-6-27 23:13
加上-noappend，不让程序在原有文件上续写

哇，还有这个思路啊

zhijiu · 发表于 Post on 2022-6-28 10:22:19

sobereva 发表于 2022-6-27 23:13
加上-noappend，不让程序在原有文件上续写

老师，您好，我输入-noappend，提交脚本，我看新的log文件是从0ns开始跑的，轨迹是以我跑断的那一点为初始点开始跑的吗（然后我再把两段轨迹连接起来？）？还有一个问题是，我原先的tpr是由于内存不够自己跑断了，那我提交脚本是接着用原先的tpr还是新生成一个tpr（基于跑断的tpr）？

zhijiu · 发表于 Post on 2022-6-28 16:37:34

zhijiu 发表于 2022-6-28 10:22
老师，您好，我输入-noappend，提交脚本，我看新的log文件是从0ns开始跑的，轨迹是以我跑断的那一点为初 ...

不用了，谢谢老师，我已经解决了我的问题

E.S. · 发表于 Post on 2023-10-12 10:26:04

zhijiu 发表于 2022-6-28 16:37
不用了，谢谢老师，我已经解决了我的问题

你好，怎么解决的

zhijiu · 发表于 Post on 2023-12-28 19:10:58

E.S. 发表于 2023-10-12 10:26
你好，怎么解决的

用gmx grompp -f md,mdp -p 1.top -t state.cpt -c 1.gro -o md2.tpr，用这个命令读cpt文件，生成新的tpr去跑

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