由多糖序列画出结构式是否有快捷方法

mol · 发表于 Post on 2022-6-29 09:06:45

本帖最后由 mol 于 2022-6-29 09:21 编辑

各位前辈好，请问是否有简便的方法通过已知的多糖序列或pdb结构画出他的结构式呢？
例如：

chenbq18 · 发表于 Post on 2022-6-29 20:31:46

glycam网站

mol · 发表于 Post on 2022-6-29 20:56:14

chenbq18 发表于 2022-6-29 20:31
glycam网站

可以指点下具体哪个地方吗，一直没找到呢

chenbq18 · 发表于 Post on 2022-6-29 22:27:36

mol 发表于 2022-6-29 20:56
可以指点下具体哪个地方吗，一直没找到呢

mol · 发表于 Post on 2022-6-30 09:47:14

chenbq18 发表于 2022-6-29 22:27
www.glycam.org

抱歉没描述清楚，这个网站我知道，我的意思是具体那个地方能给出来图中的结构式呢

mol · 发表于 Post on 2022-6-30 09:50:09

试了试obabel，感觉效果一般，obabel -ipdb 1.pdb -osvg -O 1.svg

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-6-30 13:52:54

charmm-gui

mol · 发表于 Post on 2022-6-30 14:29:50

喵星大佬发表于 2022-6-30 13:52
charmm-gui

我看这个是生成三维结构？想要图片上的2d的结构式

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-6-30 22:31:17

mol 发表于 2022-6-30 14:29
我看这个是生成三维结构？想要图片上的2d的结构式

那直接ChemDraw不就行了。。。。。

其实方法也是有的
先打开Charmm-GUI
选择Glycan Reader & Modeler

选择Glycan Only System

根据你的序列构建糖链

我这边演示随便弄了几个，比如这样

然后点击下一步，生成pdb文件

此时上面会有一排文件可以下载，直接点击下载pdb，找个地方保存就行

由于这个pdb里面没有连接信息，需要添加之后才能用，所以用比如IQMol打开这个pdb，然后另存为mol2文件

然后直接用Chem3D打开这个mol2文件就行了

但是如果要用Haworth投影式或者其他画法的话只能ChemDraw自己来了

mol · 发表于 Post on 2022-7-5 17:00:36

喵星大佬发表于 2022-6-30 22:31
那直接ChemDraw不就行了。。。。。

谢谢前辈详细指点

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[综合交流] 由多糖序列画出结构式是否有快捷方法