根据质心距离统计分子数的VMD脚本请教

liu129313

各位老师同学好，我以前参加过北京科音分子动力学与GROMACS培训班，在sob老师的教材上看到这个脚本，这个脚本统计的是距离水分子2.5埃以内的乙醇分子数。判据是乙醇与水任意一对原子间小于这个距离就算。如果我想把判据改为两个分子质心之间的距离小于2.5埃就算，那么这个脚本应该怎么改呢？
set myfile [open contact.txt w]
set sel [atomselect top "resname MOL and same
resid as within 2.5 of resname SOL"]
for {set i 0} {$i<=1000} {incr i 1} {
$sel frame $i
$sel update
puts $myfile "[expr [$sel num]/9]"
}
close $myfile

sobereva

用两层循环，循环每一对要对比的分子，计算质心距离，根据数值决定是否往累加变量里累加

我课上给了个comdist脚本，里面有一部分代码是计算两个选区之间的质心距离，可以借用

liu129313

好的，谢谢卢老师