关于PULL后结果文件的含义

qq1020935287

各位老师好，我是用pull对一个蛋白进行拉伸，控制情况如下。我规定蛋白两端为两个组，一个冻结一个拉伸，用A-B~C示意A为蛋白冻结组，B为蛋白的拉伸组，C为弹簧，从轨迹上看确实是蛋白被拉直了，但是产生的结果文件不太明白，有以下疑问：1：产生的pullf的XY轴具体什么意思？按道理讲蛋白拉伸过程中应该是受力逐渐变大的过程，为什么出现先降低后增大
2：pull-coord1-init所规定的是否是AC之间的距离？即参考点和弹簧点的距离
3：我想得到蛋白受力与拉伸位移的关系，请问应该是umbrella还是constraint做，这两个区别有点搞不懂
衷心谢谢各位老师！

1. freezegrps  = r_1_2_61_31
   
2. freezedim   = Y Y Y
   
3. constraints = hbonds
   
4. 
   
5. pull                    = yes
   
6. pull_ngroups            = 2         ; two groups defining one reaction coordinate
   
7. pull_ncoords            = 1         ; only one reaction coordinate
   
8. pull_group2_name        = r_1_2_61_31
   
9. pull_group1_name        = r_28_29_89_60
   
10. pull_coord1_type        = umbrella  ;
    
11. pull_coord1_geometry    = direction-periodic  ;
    
12. pull_coord1_dim         = Y N N     ; pull along x y z
    
13. pull_coord1_vec         = -1.0 0.0 0.0               ; Pull direction
    
14. pull-coord1-init        = 15
    
15. pull_coord1_groups      = 1 2       ; groups 1 and 2 define the reaction coordinate
    
16. pull_coord1_rate        = 0.01      ; 0.01 nm per ps = 10 nm per ns
    
17. pull_coord1_k           = 3800      ; kJ mol^-1 nm^-2
    
18. pull-nstxout            = 10
    
19. pull-nstfout            = 10

复制代码

Frozen-Penguin

这个参数设置的运行过程是大概是这样的（我说的内容细节上可能不完全对），在X方向上(pull-coord1-dim = Y N N)计算指定的两组(pull-coord1-groups)之间的距离，与参考距离(pull-coord1-init = 15)比较，按照伞形势(pull-coord1-type = umbrella)计算应该施加的力，然后把算出的力施加到指定方向上(pull-coord1-vec= -1.0 0.0 0.0)，在模拟过程中，参考距离会缓慢变化(pull-coord1-rate = 0.01)。
因为初始的参考距离15太大了，实际上一开始只有9左右（相当于弹簧形变量为15-9），所以受到的力非常大，很快就到了离参考值比较近的状态，力也随之很快减小，因为参考值在模拟中缓慢增大，而这时力很小，距离的变化跟不上参考值的变化，所以力又开始增大。

qq1020935287

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-26 21:02
这个参数设置的运行过程是大概是这样的（我说的内容细节上可能不完全对），在X方向上(pull-coord1-dim = Y  ...

我好像明白了，请问能否通过umbrella实现被控组的匀速拉动？我现在认知里umbrella是通过控制弹簧与牵引组的距离来调节拉力的，也就是说只能对拉力进行控制，没法直接对被控组控制，我如果想得到蛋白形变和受力的关系是不是应该用constraint方式控制？这样冻结蛋白两侧，使两侧匀速移动从而监测力与位移的数据？

Frozen-Penguin

qq1020935287 发表于 2022-7-27 00:33
我好像明白了，请问能否通过umbrella实现被控组的匀速拉动？我现在认知里umbrella是通过控制弹簧与牵引组 ...

理论上可以用constraint，但是容易报错