amber第一步Min中途断掉应该怎么解决？

Abandon-fmt

各位老师好，在跑Amber的第一步的时候，任务自己就中断了，out文件就到如下：
3.  ATOMIC COORDINATES AND VELOCITIES
--------------------------------------------------------------------------------

default_name                                                                    
begin time read from input coords =     0.000 ps


Number of triangulated 3-point waters found:    32705

     Sum of charges from parm topology file =   0.00135022
     Forcing neutrality...

| Dynamic Memory, Types Used:
| Reals             2339973
| Integers          2758407

| Nonbonded Pairs Initial Allocation:    16825096

| GPU memory information (estimate):
| KB of GPU memory in use:         0
| KB of CPU memory in use:         0

--------------------------------------------------------------------------------
   4.  RESULTS
--------------------------------------------------------------------------------




in文件是：
Minimize
&cntrl
  imin=1,
  ntx=1,
  irest=0,
  maxcyc=2000,
  ncyc=1000,
  ntpr=100,
  ntwx=0,
  cut=8.0,
/



请问这个问题出在哪儿呢？

阿志

好像是缺个 ntb=1，定容条件

Abandon-fmt

阿志 发表于 2022-7-28 08:15
好像是缺个 ntb=1，定容条件

我加上ntb=1，还是一样的结果

阿志

Abandon-fmt 发表于 2022-7-28 10:20
我加上ntb=1，还是一样的结果

试试这个过程，我是仿照这个来的。
https://blog.csdn.net/qq_3395388 ... 74765-null-null.142^v35^new_blog_fixed_pos&utm_term=%E5%B0%8F%E5%88%86%E5%AD%90%E9%85%8D%E4%BD%93%E7%9A%84%E5%88%86%E5%AD%90%E5%8A%A8%E5%8A%9B%E5%AD%A6%E6%A8%A1%E6%8B%9F&spm=1018.2226.3001.4187