求助：VMD能通过tcl脚本导入多个pdb文件合成一个frame吗？

calcifa · 发表于 Post on 2022-8-27 21:54:25

请教一下各位老师，我用mpi多进程把一个算例划分成了多个区域计算，现在输出的pdb文件储存在不同的线程文件夹下面，每个区域包含的分子、原子数目也不一样。能不能通过tcl脚本将不同路径的pdb文件导入到vmd中合并成一个frame呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-28 10:07:41

如果是指合并成一个结构，写个shell脚本把pdb文件的ATOM字段拼接就完了

calcifa · 发表于 Post on 2022-8-28 10:59:41

sobereva 发表于 2022-8-28 10:07
如果是指合并成一个结构，写个shell脚本把pdb文件的ATOM字段拼接就完了

谢谢老师，但是ATOM字段后面还有参考您的文章http://sobereva.com/121写的CONECT字段，如果这样简单合并的话成键的原子序号就会混乱，能不能有别的方法，比如直接通过vmd导入后合并呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-30 10:44:22

calcifa 发表于 2022-8-28 10:59
谢谢老师，但是ATOM字段后面还有参考您的文章http://sobereva.com/121写的CONECT字段，如果这样简单合并 ...

你用grep只把带ATOM的行提出来不就行了

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