求一个VMD计算磷脂膜厚度的脚本

黄舒伟 · 发表于 Post on 2022-8-30 14:31:29

例如文章https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/jacs.0c13235中图5提及的“位于 DNA 15 Å 内的脂质分子的 C2 原子（用于计算局部膜厚度）显示为大的棕褐色球体，而所有其他头基原子使用较小的绿色球体显示”。
有没有大佬原意提供类似的tcl脚本去计算磷脂的厚度，或者提供一下编写思路。

lyj714 · 发表于 Post on 2022-8-30 14:46:16

本帖最后由 lyj714 于 2022-8-30 14:47 编辑

根据文章描述，如果计算这种局部厚度，无非就是vmd的within可以选中DNA周围1.5 nm范围的磷脂的C2原子，并且分为上下页（可以带Z位置限制选择），分别得到上下页的C2原子的平均z坐标值，然后相减不就是厚度。

黄舒伟 · 发表于 Post on 2022-8-30 16:13:17

lyj714 发表于 2022-8-30 14:46
根据文章描述，如果计算这种局部厚度，无非就是vmd的within可以选中DNA周围1.5 nm范围的磷脂的C2原子，并且 ...

有道理，我还想着把每一个C2原子和其对应的另一叶的厚度算出来然后取平均呢~~~。
多谢指教

CruiseBend · 发表于 Post on 2022-8-31 00:40:47

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