【已解决】求助：MaterialsStudio 2020以下版本在RHEL/CentOS 8系统的运行

wuy069 · 发表于 Post on 2022-9-5 16:18:08

本帖最后由 wuy069 于 2022-10-10 14:11 编辑

最近集群系统统一安装了Rocky Linux 8.6，但在运行MaterialsStudio 2020及以下版本时总出现问题，Dmol3和Castep总不占用CPU进程。
Google搜索，是因为Intel mpi 2018在较新系统版本运行MPI任务会直接报错Segmentation Fault。根据“在较新的Linux系统中使用Materials Studio 2019和旧版Intel MPI | 世事如棋 (wangruixing.cn)”这篇博客操作，依然没解决问题，也询问博主了，他说“这个方法还是有局限性有些模块不识别设置的环境变量就仍然用不了”。
然后就想到用singularity容器运行MaterialsStudio 2020, 安装singularity，使用沙盒创建CentOS 7.9容器目录，在CentOS 7.9中安装依赖和MaterialsStudio 2019或2020软件，最后把容器目录转化为sif容器镜像。
然而运行时还是出现不占用CPU进程问题，singularity exec /opt/soft/ms2019.sif /opt/BIOVIA/MaterialsStudio19.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np 8 test test_DOS &

请教下各位，是我singularity设置的环境不全还是什么问题？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-5 20:30:44

不要在本论坛求商业软件下载，注意看置顶的社员必读贴。已把你帖子里的相关部分抹了

abin · 发表于 Post on 2022-9-5 21:50:50

本帖最后由 abin 于 2022-9-5 22:01 编辑

因为有一个严重的bug 要修正呀……不便于在这里讨论。
另，用什么网络？
单机多核心并行，还是多机器并行？

不过，商业软件，直接找技术服务呀。

wuy069 · 发表于 Post on 2022-9-5 22:02:49

sobereva 发表于 2022-9-5 20:30
不要在本论坛求商业软件下载，注意看置顶的社员必读贴。已把你帖子里的相关部分抹了

好的，谢谢社长，下次注意了！

wuy069 · 发表于 Post on 2022-9-5 22:06:20

abin 发表于 2022-9-5 21:50
因为有一个严重的bug 要修正呀……不便于在这里讨论。
另，用什么网络？
单机多核心并行，还是多机器并行 ...

谢谢王老师！网络用的是千兆网络，目前是单机多核并行都没解决了。
王老师，您说的严重bug，请问是？修复这个就能正常运行吗，能否站内私信指导下，谢谢！

abin · 发表于 Post on 2022-9-5 22:25:38

wuy069 发表于 2022-9-5 22:06
谢谢王老师！网络用的是千兆网络，目前是单机多核并行都没解决了。
王老师，您说的严重bug，请问是？修 ...

我没功夫测试……
你自己捣鼓吧。

或者你先找技术服务吧。

这是有商业版权的东西，我不便掺乎。

wuy069 · 发表于 Post on 2022-9-5 22:31:39

abin 发表于 2022-9-5 22:25
我没功夫测试……
你自己捣鼓吧。

也没说让你测试啊

，只是讨论下singularity容器技术而已，您说有bug，只是指点下就这么吝啬啊[😂]，感谢讨论[抱拳]。

abin · 发表于 Post on 2022-9-5 22:33:43

wuy069 发表于 2022-9-5 22:31
也没说让你测试啊，只是讨论下singularity容器技术而已，您说有bug，只是指点下就这么吝啬啊[&#128514 ...

CSDN有我分享的singularity 资料，也许可以看看。

我真没有功夫帮你找。

我没功夫测试，所以没法说，是否有效。

wuy069 · 发表于 Post on 2022-9-5 22:36:11

abin 发表于 2022-9-5 22:33
CSDN有我分享的singularity 资料，也许可以看看。

我真没有功夫帮你找。

好的，我拜读下，谢谢！

wuy069 · 发表于 Post on 2022-9-5 22:47:45

abin 发表于 2022-9-5 22:33
CSDN有我分享的singularity 资料，也许可以看看。

我真没有功夫帮你找。

拜读了您的作品，但并没找到我需要的。VASP、Gaussian、ORCA这些，我用Singularity并没问题。
我还是把其中几个节点降级成CentOS 7.9来解决我的需求吧。

abin · 发表于 Post on 2022-9-5 23:34:49

本帖最后由 abin 于 2022-9-5 23:42 编辑

wuy069 发表于 2022-9-5 22:47
拜读了您的作品，但并没找到我需要的。VASP、Gaussian、ORCA这些，我用Singularity并没问题。
我还是把 ...

我怎么能发送一个视频给你？

我顺手在虚拟机中组了一个集群。
由于管控的缘故，网络很通畅，dnf 可以高达20MB/s
利用我的工具套件很快做了一个测试集群。

我测试了一个例子，能跑。

不晓得你的计算，是跑多久出现的问题，或者是一直不能顺利运行。

主机，Ubuntu 20.04
Vbox 虚拟机，用Rocky 8做集群。
集群工具，是我写的hpc4you_toolkit。
测试的是ms2019 castep。

完毕。我不清楚这玩意跑时间长了会不会挂。

wuy069 · 发表于 Post on 2022-9-6 07:53:12

abin 发表于 2022-9-5 23:34
我怎么能发送一个视频给你？

我顺手在虚拟机中组了一个集群。

太麻烦王老师了[抱拳]！如果视频不大，能否传到百度或阿里云盘，给个分享链接就行，非常感谢！

abin · 发表于 Post on 2022-9-6 10:11:03

wuy069 发表于 2022-9-6 07:53
太麻烦王老师了[抱拳]！如果视频不大，能否传到百度或阿里云盘，给个分享链接就行，非常感谢！

查验PM信息.

abin · 发表于 Post on 2022-9-6 10:12:43

wuy069 发表于 2022-9-5 22:47
拜读了您的作品，但并没找到我需要的。VASP、Gaussian、ORCA这些，我用Singularity并没问题。
我还是把 ...

你用了这么快的时间, 就看了你认为重要的东西.

可是我认为你根本就没有看你应该看的东西.

你应该融会贯通一下这个吧?

https://blog.csdn.net/hpc4you/article/details/124325276

wuy069 · 发表于 Post on 2022-9-6 10:32:07

abin 发表于 2022-9-6 10:12
你用了这么快的时间, 就看了你认为重要的东西.

可是我认为你根本就没有看你应该看的东西.

十分感谢王老师花这么多时间测试！
哦，可能吧，我自己再找找问题吧。

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