求助关于CP2K与PLUMED联用时没有输出

asd9998876 · 发表于 Post on 2022-9-11 20:10:00

本帖最后由 asd9998876 于 2022-9-11 20:12 编辑

使用了一个CP2K官网上的石墨烯上方硝酸解离的例子进行CP2K-PLUMED联用的MTD模拟

但是目前跑了快2000步了，HILLS文件和COLVAR文件里面没有任何的输出，我设置的PACE=100 stride=10，应该会有输出了才对，求大佬们解惑

输出文件和输入文件在下方，HILLS和COLVAR文件的大小都是0，输出提示也是已经开始正常运行了

beyond · 发表于 Post on 2022-9-11 22:07:19

你需要在你的plumed input文件里面加上关键词，FLUSH STRIDE=100，
默认的是每10000步输出一次

asd9998876 · 发表于 Post on 2022-9-12 10:35:55

beyond 发表于 2022-9-11 22:07
你需要在你的plumed input文件里面加上关键词，FLUSH STRIDE=100，
默认的是每10000步输出一次

谢谢，我看到相关的解释了，也就是实际上的HILLS数据已经算出来了，但是还没有刷新进入文件是吗

beyond · 发表于 Post on 2022-9-12 14:58:31

asd9998876 发表于 2022-9-12 10:35
谢谢，我看到相关的解释了，也就是实际上的HILLS数据已经算出来了，但是还没有刷新进入文件是吗

是的

ustbhh@126.com · 发表于 Post on 2022-9-22 03:31:46

plumed不就已经设置CV了嘛，为什么你在cp2k.inp里面还又加了一遍呢？

asd9998876 · 发表于 Post on 2022-9-22 14:36:07

ustbhh@126.com 发表于 2022-9-22 03:31
plumed不就已经设置CV了嘛，为什么你在cp2k.inp里面还又加了一遍呢？

这个不影响的，只是懒得在原本的inp文件中加个注释了，反正在inp文件中只是定义又没有使用，即便你定义了COLVARs也可以不做MTD的

asd9998876 · 发表于 Post on 2022-9-23 17:05:39

beyond 发表于 2022-9-12 14:58
是的

您好，我想再询问一个问题
我重启了MTD的计算之后，之前的HILLS 与COLVAR数据存入了bck.0的文件之中，新生成的HILLS和COLVAR文件中输出了重新计算后的每100步的输出，但是并没有之前的bck文件中的数据
这种情况下的计算是否仍有之前添加的偏置势，还是说相当于从restart处重新开始跑了一个新的MTD呢

beyond · 发表于 Post on 2022-9-28 22:16:07

asd9998876 发表于 2022-9-23 17:05
您好，我想再询问一个问题
我重启了MTD的计算之后，之前的HILLS 与COLVAR数据存入了bck.0的文件之中，新 ...

你检查一下你的plumed 文件，你应该没有加上RESTART

wangyiwen · 发表于 Post on 2022-9-29 17:29:11

你好，请问“CP2K官网上的石墨烯上方硝酸解离的例子”这个例子是在哪个位置？在官网上没找到。

asd9998876 · 发表于 Post on 2022-9-29 18:53:07

wangyiwen 发表于 2022-9-29 17:29
你好，请问“CP2K官网上的石墨烯上方硝酸解离的例子”这个例子是在哪个位置？在官网上没找到。

https://www.cp2k.org/exercises:2015_cecam_tutorial:mtd1?s[]=metadynamics

wangyiwen · 发表于 Post on 2022-9-30 10:27:53

asd9998876 发表于 2022-9-29 18:53
https://www.cp2k.org/exercises:2015_cecam_tutorial:mtd1?s[]=metadynamics

谢谢你

kirSTY · 发表于 Post on 2024-9-3 14:59:24

plumed初学者
1.文件刷新有两个要素，一个是输入文件的“stride”关键词，这个控制程序写入到输入文件的频率；还有一个是受制于内存的缓冲区，文件会首先写入到缓冲区，超过一定大小后再写入磁盘，我这里好像是4kb左右，但是可以设置“FLUSH”关键词令每一步都空缓冲区直接写入到磁盘
2.但是“FLUSH”关键词好像仅对COLVAR文件生效，对于HILL文件不生效，不过提高更新COLVAR文件的频率貌似可以促进HILL文件的刷新

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