如何给蛋白质和配体之间加键联关系？

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-9-13 11:18:19

本帖最后由大头攒毛于 2022-9-13 11:57 编辑

大家好，酶1jpz在md模拟中，1jpz的残基cys400和活性中心hem之间需要有键联关系，但是在用gromacs处理的时候，cys和hem的力场是分开的，请问，怎么给top文件中额外加入这部分键联关系？（如下图所示）

CHC · 发表于 Post on 2022-9-13 13:40:27

1. doc文档中是我之前做p450模拟时设置的参数，在topol.top文件中[bonds] 、[angles] 添加的，你可以参考下
2. 有的文献中是直接把CYS和HEME作为一个非标准残基来做，这样就不需要手动设置键参数

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-9-13 15:42:47

CHC 发表于 2022-9-13 13:40
1. doc文档中是我之前做p450模拟时设置的参数，在topol.top文件中、[angles] 添加的，你可以参考下
2. 有 ...

感谢您的回复。
我有点儿不太理解，如果把CYS和HEME作为一个非标准残基的话，那CYS和蛋白质前后残基之间的键联该怎么设置？（如下图）
能麻烦推荐一下相关文献吗？
谢谢了
D:\deskstop\e448c1bf44f8a336f61c734a221d89e(1)

k64_cc · 发表于 Post on 2022-9-13 15:58:32

比较无脑的方法是改用ambertools建模，amber做非标准残基的tutorial官网就有。等建模完成之后再parmed转成gmx的格式。

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-9-13 16:11:08

谢谢您的回复

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-9-13 16:16:34

我现在是cys和hem之间的相互作用参数已经有了，我搞不明白的是，在pdb2gmx之后，生成了protein.itp和hem.itp，这两个itp被放在同一个top里面，但是itp项里都只有各自的bonds，没有cys和hem之间的bonds，是不是如果没有这两者之间的bonds，那它们之间（S和FE）就只有非键作用了吗？相当于键合参数压根儿就没用到？

CHC · 发表于 Post on 2022-9-13 17:01:12

大头攒毛发表于 2022-9-13 15:42
感谢您的回复。
我有点儿不太理解，如果把CYS和HEME作为一个非标准残基的话，那CYS和蛋白质前后残基之间 ...

文献链接： https://doi.org/10.1038/s41467-020-20022-5
之前看到一篇生成非标准残基的教程：https://mp.weixin.qq.com/s/drBIKADovD-9UPHWL1UgeQ，叮当学术公众号中里的

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-15 06:11:05

大头攒毛发表于 2022-9-13 16:16
我现在是cys和hem之间的相互作用参数已经有了，我搞不明白的是，在pdb2gmx之后，生成了protein.itp和hem.it ...

注意specbond.dat文件。可以根据实际情况自己改写以让pdb2gmx判断出特殊的键

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-9-16 10:01:20

CHC 发表于 2022-9-13 17:01
文献链接： https://doi.org/10.1038/s41467-020-20022-5
之前看到一篇生成非标准残基的教程：https://m ...

谢谢您的回复

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-9-16 10:01:42

sobereva 发表于 2022-9-15 06:11
注意specbond.dat文件。可以根据实际情况自己改写以让pdb2gmx判断出特殊的键

谢谢sob老师

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