求助：Amber运行pmemd.cuda报错

阿志 · 发表于 Post on 2022-9-30 13:27:09

各位老师好，我使用Amber的pmemd.cuda对蛋白质配体复合物进行能量最小化和加热，但是提示如图所示的错误。之后我使用pmemd.MPI 对体系进行能量最小化和加热，再用pmemd.cuda进行平衡，我同时扩大了盒子的体积并且延长了步长，但是还是出现一样的错误，我想问一下这个问题应该如何解决？麻烦各位老师解答了，谢谢。

casea · 发表于 Post on 2022-9-30 15:54:43

很大可能是密度变化过大，可以先用pmemd.MPI跑50000步平衡之后再转用pmemd.cuda。

阿志 · 发表于 Post on 2022-9-30 20:00:10

casea 发表于 2022-9-30 15:54
很大可能是密度变化过大，可以先用pmemd.MPI跑50000步平衡之后再转用pmemd.cuda。

我试过，成功了，谢谢老师

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Amber] 求助：Amber运行pmemd.cuda报错

浏览过的版块