计算准谐波近似熵时，进行转动平动拟合轨迹前后结果为什么一样呢？

Mingyu

nvt系综后，用如下命令将体系轨迹进行转动和平动拟合
echo ‘0 0' | gmx trjconv -s nvt.tpr -f nvt.trr -n index.ndx -fit rot+trans -o nvt2.trr

nvt.trr是拟合前的轨迹，nvt2.trr是拟合后的轨迹。（echo '0 0'就是对整个体系进行轨迹拟合）

再用拟合后的轨迹计算协方差

gmx covar -f nvt2.trr -s nvt.tpr -o  -ascii  -n index.ndx

（选择体系内的一个分子，已用 gmx make_ndx -f nvt.tpr -o index.ndx 建立索引）


进一步计算准谐波近似熵

gmx anaeig -f nvt2.trr -s nvt.tpr -v eigenvec.trr  -entropy -temp 298  -nevskip 6



为什么最后算出来的结果和进行转动平动拟合前的结果一样呢？我想得到分子的转动熵和平动熵，不知道这样拟合有什么问题呢？

Frozen-Penguin

gmx covar算协方差的时候会自动消除平动转动，需要加-nofit
https://manual.gromacs.org/docum ... help/gmx-covar.html

Mingyu

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-3 22:25
gmx covar算协方差的时候会自动消除平动转动，需要加-nofit
https://manual.gromacs.org/documentation/20 ...

非常感谢大佬的回复！
按照您的说法我改了一下代码如下：

echo ‘0 0' | gmx trjconv -s nvt.tpr -f nvt.trr -n index.ndx -fit rot+trans -o nvt2.trr

gmx covar -f nvt2.trr -s nvt.tpr -o  -ascii  -n index.ndx -nofit

gmx anaeig -f nvt2.trr -s nvt.tpr -v eigenvec.trr  -entropy -temp 298

我发现把trjconv那一行分别改成fit none、fit translation，fit rot+trans，最后得出来的结果也都是一样的，请问是为什么呢？

Frozen-Penguin

Mingyu 发表于 2022-10-5 20:12
非常感谢大佬的回复！
按照您的说法我改了一下代码如下：

我随便找了一条轨迹测试，结果是不一样的

1. The Entropy due to the Schlitter formula is 218.453 J/mol K
   
2. The Entropy due to the Quasiharmonic analysis is 817.202 J/mol K
   
3. 
   
4. The Entropy due to the Schlitter formula is 239.147 J/mol K
   
5. The Entropy due to the Quasiharmonic analysis is 796.1 J/mol K

复制代码

可能你的nvt模拟过程中有位置约束，所以没有平动转动？

Mingyu

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-7 14:12
我随便找了一条轨迹测试，结果是不一样的

可能你的nvt模拟过程中有位置约束，所以没有平动转动？

非常感谢您的回复！如您所说，确实是位置约束导致平动转动熵太小，所以拟合前后几乎没有变化，谢谢！