求助GROMACS使用 gmx trjconv命令处理轨迹周期性报错Cannot read from input

orange22

请教各位老师，GROMACS 使用gmx trjconv 命令进行轨迹处理保持分子完整时，出现报错 fatal error: cannot read from input，使用的命令为gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o prod_whole.xtc -pbc mol，模拟体系为水分子



GROMACS:      gmx trjconv, version 2018.8
Executable:   /public/home/chenfeilf/gromacs/gromacs/2018.8/bin/gmx
Data prefix:  /public/home/chenfeilf/gromacs/gromacs/2018.8
Working dir:  /public/home/chenfeilf/study/zdz/gmx/20201010/waterbox
Command line:
  gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o prod_whole.xtc -pbc mol


Will write xtc: Compressed trajectory (portable xdr format): xtc
Reading file md.tpr, VERSION 2016.1 (single precision)
Reading file md.tpr, VERSION 2016.1 (single precision)
Group     0 (         System) has  6495 elements
Group     1 (          Water) has  6495 elements
Group     2 (            SOL) has  6495 elements
Select a group:
-------------------------------------------------------
Program:     gmx trjconv, version 2018.8
Source file: src/gromacs/topology/index.cpp (line 923)


Fatal error:
Cannot read from input


For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------
Select group for output

Frozen-Penguin

我下载你的文件运行没有问题，应该是因为你没有选择要输出的group
把命令改成下面这样再运行应该就行了

1. echo 2 | gmx trjconv ......

复制代码

orange22

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-11 19:18
我下载你的文件运行没有问题，应该是因为你没有选择要输出的group
把命令改成下面这样再运行应该就行了

...

谢谢您的回复~但是我能看到的命令只有一部分，是不完整的（echo 2 | gmx trjconv ......），可以麻烦您再发一遍吗？谢谢

Frozen-Penguin

orange22 发表于 2022-10-11 20:44
谢谢您的回复~但是我能看到的命令只有一部分，是不完整的（echo 2 | gmx trjconv ......），可以麻烦您再 ...

echo 2 | gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o prod_whole.xtc -pbc mol

orange22

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-11 22:09
echo 2 | gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o prod_whole.xtc -pbc mol

果然是因为没有选组的原因，谢谢大神

量化小菜鸡

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-11 22:09
echo 2 | gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o prod_whole.xtc -pbc mol

请问这个组必须是2吗，我试了下0和1好像这里没有区别看路径。