请教各位非键相互作用的参数是如何获得的呢

www1 · 发表于 Post on 2022-10-12 10:24:34

各位老师同学好，
新手求帮助~ 有一个很复杂的非生物体系（457个原子的Au25+配体的团簇（含有Cl,P,S,C,H）+周围的水分子一共大概3000个原子）想要跑一下分子动力学看看在长一点的时间尺度内的变化。
所以我采用了UFF的力场参数，但是其他非间相互作用的参数是如何得到的呢。我对Au-Au间的非键相互作用需要的Eplison和Sigma，是从一篇文献里（也是Au25团簇，但配体不同）拿到的，请问这样的参数可以使用吗？

非常感谢！

我用的是CP2K9.1的FIST模块，有如下提示：
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
SPLINE_INFO| Generating 28 splines for NONBONDED14 interactions
            Due to 7 different atomic kinds
  ...2  ...4  ...6  ...8  ...10  ...12  ...14  ...16  ...18  ...20  ...22
  ...24  ...26  ...28
SPLINE_INFO| Number of unique splines computed:          16
SPLINE_INFO| Done

FORCEFIELD| WARNING: A non Critical ForceField parameter is missing! CP2K GOES!
FORCEFIELD| Non critical parameters are:Urey-Bradley,Torsions,Impropers, Opbends and 1-4
FORCEFIELD| All missing parameters will not contribute to the potential energy!

FORCEFIELD| Missing Spline_Non_Bond_En(  AU,  CL)
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-12 13:03:07

水分子用标准的诸如SPC/E、OPC3等水模型
配体用GAFF
三部分之间原子间的LJ参数靠几何平均或算术平均的混合规则得到

www1 · 发表于 Post on 2022-10-12 13:52:50

sobereva 发表于 2022-10-12 13:03
水分子用标准的诸如SPC/E、OPC3等水模型
配体用GAFF
三部分之间原子间的LJ参数靠几何平均或算术平均的混 ...

感谢sob老师，那也就是说，这些参数只能手动添加去喂给程序吗~？尤其是三部分之间原子间的LJ参数的计算也是需要自己手动完成的吗~?

我之前一直以为这个是在做力场文件中，应该放进去的~

waitingseven · 发表于 Post on 2022-10-12 15:45:08

www1 发表于 2022-10-12 13:52
感谢sob老师，那也就是说，这些参数只能手动添加去喂给程序吗~？尤其是三部分之间原子间的LJ参数的计算也 ...

cp2k里比较麻烦，需要自己添加非键相互作用相关参数，不过原子种类不多的话手动计算添加也不会太费功夫

www1 · 发表于 Post on 2022-10-12 15:50:48

waitingseven 发表于 2022-10-12 15:45
cp2k里比较麻烦，需要自己添加非键相互作用相关参数，不过原子种类不多的话手动计算添加也不会太费功夫

谢谢，那我就找找参数，手动添加吧。一共七种原子，我想还是可以手动承受得了的。

其实主要是不太明白，从哪里去获得这些参数，如果我用了别的力场里的参数，那么我用UFF和这个会不会不匹配，或者导致一些问题。

感谢~

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-12 19:19:00

GAFF、UFF之间勉强兼容，也和SPC/E等主流水模型能兼容。至于Au团簇的，如果是J. Phys. Chem. C, 112, 17281 (2008)这篇里的参数，和前述力场混用也没问题

www1 · 发表于 Post on 2022-10-13 10:03:03

sobereva 发表于 2022-10-12 19:19
GAFF、UFF之间勉强兼容，也和SPC/E等主流水模型能兼容。至于Au团簇的，如果是J. Phys. Chem. C, 112, 17281 ...

感谢sob老师~ 我又有一些细节的问题~

如果还有一些缺失的，如果这两种原子本身距离比较远，是不是我瞎写几个数字，把R_CUT写清楚就不会有什么问题呢~

还缺一些比如Au-Cl Au-P Au-S的参数，是取什么的几何平均和算术平均去计算呢。

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[综合交流] 请教各位非键相互作用的参数是如何获得的呢

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