求助、GROMACS伞形采样窗口选取及每个窗口模拟时间如何设定？

熊小熊

大家好，我想请教一下，关于伞形采样的几个问题，非常感谢您愿意耽搁几分钟浏览或解答我的问题，你的回答将极大的帮助我； 1、我按照下图的距离进行等距离的选取conf.gro,但是计算出来的窗口并不是均等的，这是什么原因呢？
2、histo.xvg中的窗口与所选取的conf.gro是怎样对应的，即如何判断conf.gro在histo.xvg中所对应的曲线。
3、在对每个窗口进行模拟时，怎样判断模拟时间是否合适？

白夜

看不懂你怎么等距离取的窗口，我说一下我的
取窗口，两研究对象相聚越近，所需窗口越密集，我用的是0.2a一个窗口（距离小于5a），0.5a一个窗口（距离大于5a）
hist图可以理解为数量图，对映的是自由能图中不同位置的倾向，hist中曲线聚集说明自由能能阱，反之能垒
根据hist两曲线重叠度来选择合适时间，时间越长，两峰重叠点越高（我以半峰高为标准），也可以降低弹簧力（降低峰高，增加峰宽）

熊小熊

白夜 发表于 2022-10-24 22:07
看不懂你怎么等距离取的窗口，我说一下我的
取窗口，两研究对象相聚越近，所需窗口越密集，我用的是0.2a一 ...

       嗯！非常感谢您的回复。
      我等距离取的方式是,每个conf.gro都对应一个距离，然后我就根据这个距离选取对应的conf.gro文件，例如，距离3.82对应的是conf0.gro，然后取3.62对应的conf.gro，3.42对应的conf.gro,您一般
采取什么的方式采样呢？      如果按照您说的以半峰为标准，在模拟每个窗口时是不是设置的时间就会有出现差异。