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[GROMACS] 求助怎么产生溶剂盒子的top文件

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楼主
想请问下老师,最近想用gromacs做溶剂盒子的分子动力学模拟,用packmol生成了溶剂盒子,体系较大,怎么产生溶剂盒子的top文件呢,这个时候是只能选择用gromacs自带的solvate-box命令去做溶剂盒子吗?

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发表于 Post on 2022-10-28 07:05:59 | 只看该作者 Only view this author
通常是先获得体系中各类分子的itp文件。常见的几种水分子的itp文件在gmx自带的力场目录下有现成的,其它类型分子可以用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)等程序产生itp文件。然后把itp文件都恰当include到top里,并且[molecules]部分设置各类分子数目,并且注意顺序必须和结构文件一致。
溶剂盒子结构的建模,可以用gmx solvate、gmx insert-molecules或packmol(http://sobereva.com/473),视实际情况决定用哪个最合适。

如果还是搞不明白的话,建议参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html),里面有海量的例子和极其详细的讲解
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-6 21:09:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sxh3231796 于 2022-12-7 00:29 编辑
sobereva 发表于 2022-10-28 07:05
通常是先获得体系中各类分子的itp文件。常见的几种水分子的itp文件在gmx自带的力场目录下有现成的,其它类 ...

学会了如何生成对应的溶剂盒子,想再请问一下sob老师,如果想在oplsaa力场下作分子模拟的话,找不到Zn2+的力场信息该怎么处理啊,看到相关做Zn的文献确实是用这个力场做的,但是不知道是怎么对应生成的相关itp文件。

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发表于 Post on 2022-12-7 02:23:36 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2022-12-6 21:09
学会了如何生成对应的溶剂盒子,想再请问一下sob老师,如果想在oplsaa力场下作分子模拟的话,找不到Zn2+ ...

甭用OPLS-AA。改用GAFF/AMBER、CHARMM的话,都可以结合Merz的离子原子力场,种类极为丰富。

非要用OPLS-AA的话就去搜更多的文献,凡是力场原本不包含的参数理应在文献里给出,一篇没给就再找其它的。或者直接发邮件问文章的通讯作者
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-7 02:39:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-7 02:23
甭用OPLS-AA。改用GAFF/AMBER、CHARMM的话,都可以结合Merz的离子原子力场,种类极为丰富。

非要用OPL ...

谢谢sob老师,我去试试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-7 16:17:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-7 02:23
甭用OPLS-AA。改用GAFF/AMBER、CHARMM的话,都可以结合Merz的离子原子力场,种类极为丰富。

非要用OPL ...

sob老师好,发邮件问了一下oplsaa力场,ligpargen网站的负责人。他说oplsaa没有金属离子的定义,然后给了一篇文献和参数:Zn   charge: 2.0     sigma:  1.960  epsilon:   0.0125    Reference ---> JACS 113, 8262 (1991)
但我看了一下文献这个里面说这个参数是amber力场定义的,这种可以混用吗?

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发表于 Post on 2022-12-8 10:10:38 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2022-12-7 16:17
sob老师好,发邮件问了一下oplsaa力场,ligpargen网站的负责人。他说oplsaa没有金属离子的定义,然后给了 ...

严格来说不能,LJ参数混合规则用的不同
在实际中可以凑合
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-8 19:54:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-8 10:10
严格来说不能,LJ参数混合规则用的不同
在实际中可以凑合

谢谢sob老师

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