计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1052|回复 Reply: 9
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 请问:非平面的分子轨道计算有要求吗?我算出来的分子由于取代基原因非平面,做不出图

[复制链接 Copy URL]

61

帖子

0

威望

297

eV
积分
358

Level 3 能力者

分子由于取代基原因非平面,绘制轨道图时总是无法读取文件,麻烦各位老师解答一下。
另:此分子还要做ESP图,请问非平面会不会对ESP图有影响

图片1.png (186.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

分子由于取代基非平面

分子由于取代基非平面

图片2.png (102.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

log文件最后

log文件最后

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112544

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-11-3 09:04:30 | 只看该作者 Only view this author
跟是否平面根本毫无联系,不知道你怎么想的

任意类型分子都可以按下文看轨道、绘制静电势图
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html
用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法(含演示视频)
http://sobereva.com/449http://bbs.keinsci.com/thread-11550-1-1.html
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html
绘制静电势全局极小点+等值面图展现孤对电子位置的方法
http://sobereva.com/493http://bbs.keinsci.com/thread-13638-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

61

帖子

0

威望

297

eV
积分
358

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-3 09:14:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-3 09:04
跟是否平面根本毫无联系,不知道你怎么想的

任意类型分子都可以按下文看轨道、绘制静电势图

我之前看轨道是使用Chemcraft看轨道,此分子用Chemcraft软件看不成,请问老师这个分子只能用Multiwfn作图吗

16

帖子

0

威望

832

eV
积分
848

Level 4 (黑子)

4#
发表于 Post on 2022-11-3 09:50:28 | 只看该作者 Only view this author
Jianggggg-rj 发表于 2022-11-3 09:14
我之前看轨道是使用Chemcraft看轨道,此分子用Chemcraft软件看不成,请问老师这个分子只能用Multiwfn作图 ...

https://www.zhihu.com/zvideo/1265546647359860736
Gaussview也可以画ESP

61

帖子

0

威望

297

eV
积分
358

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-3 12:44:26 | 只看该作者 Only view this author
易振宇1996 发表于 2022-11-3 09:50
https://www.zhihu.com/zvideo/1265546647359860736
Gaussview也可以画ESP

你好,ESP可以做出来,只有轨道,每次在Chemcraft看轨道都是不能读取该文件

361

帖子

0

威望

4236

eV
积分
4597

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2022-11-3 13:04:37 | 只看该作者 Only view this author
看轨道的话先把chk文件转换为fchk文件,然后再用chemcraft打开fchk文件。如果想用输出文件看轨道,那需要额外的关键词。

1万

帖子

0

威望

7406

eV
积分
18181

Level 6 (一方通行)

7#
发表于 Post on 2022-11-3 13:42:47 | 只看该作者 Only view this author
Jianggggg-rj 发表于 2022-11-3 05:44
你好,ESP可以做出来,只有轨道,每次在Chemcraft看轨道都是不能读取该文件

那肯定是因为平面性以外的原因,诸如版本不兼容、文件损坏等。
不要毫无根据地从分子结构归纳报错原因
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

61

帖子

0

威望

297

eV
积分
358

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-3 17:09:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-11-3 13:42
那肯定是因为平面性以外的原因,诸如版本不兼容、文件损坏等。
不要毫无根据地从分子结构归纳报错原因

别的轨道都可以打开,请问如果是文件损坏原因,要怎么修复文件

1万

帖子

0

威望

7406

eV
积分
18181

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2022-11-3 20:42:08 | 只看该作者 Only view this author
Jianggggg-rj 发表于 2022-11-3 10:09
别的轨道都可以打开,请问如果是文件损坏原因,要怎么修复文件

先用文本编辑器打开文件,跟之前可以正常打开的文件比较,找不同。
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

361

帖子

0

威望

4236

eV
积分
4597

Level 6 (一方通行)

10#
发表于 Post on 2022-11-3 21:25:34 | 只看该作者 Only view this author
Jianggggg-rj 发表于 2022-11-3 17:09
别的轨道都可以打开,请问如果是文件损坏原因,要怎么修复文件

你这个截图里打开的是log文件,你用fchk文件看轨道,肯定不会有问题。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 18:53 , Processed in 0.180509 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list