蛋白质配体相互作用能量报错，在索引文件中找不到.mdp文件中引用的Group Protein_...

眸熵

每一步都是按照教程操作的，运行这一步gmx grompp -f ie.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o ie.tpr

报错如下：


Group and_ions referenced in the .mdp file was not found in the index file.
Group names must match either [moleculetype] names or custom index group
names, in which case you must supply an index file to the '-n' option
of grompp.


请问是怎么回事

xinyanli

有可能是itp文件或者top文件中的[moleculetype]和mdp文件中定义的不一样

眸熵

xinyanli 发表于 2022-11-4 14:28
有可能是itp文件或者top文件中的[moleculetype]和mdp文件中定义的不一样

您好，我每一步都是按照这个教程http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/01_pdb2gmx.html 操作的，竟然也会出这样的问题吗，我用的文件也都是教程给的。

wyfgg

你真的确定你这行代码是这个教程里的？

1. gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o md_0_10.tpr

复制代码

眸熵

wyfgg 发表于 2022-11-6 12:33
你真的确定你这行代码是这个教程里的？

确定啊，就是最后一步分析

MOI_001

眸熵 发表于 2022-11-6 14:25
**** 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽 ****

请问你解决了吗？我也报了这个错误