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[GROMACS] 求助:PME方法和cuttoff方法算得的静电相互作用相差很大

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本帖最后由 云隐i 于 2022-11-5 16:15 编辑

如题,分别用两种方法计算了两个基团(——COO-和——NH3+)之间的静电相互作用,PME方法rcoulomb=1.2nm cut-off方法rcoulomb=4.0nm,算得的静电相互作用如图所示,请问老师们,可能是哪里出错的,哪种算法得到的结果是正确的呢

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发表于 Post on 2022-11-6 11:07:34 | 只看该作者 Only view this author
PME时没法计算特定组之间的静电作用,只有PME里面实空间部分能进行分解,而这仅仅是静电作用能的一部分
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-6 19:53:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 云隐i 于 2022-11-6 21:12 编辑
sobereva 发表于 2022-11-6 11:07
PME时没法计算特定组之间的静电作用,只有PME里面实空间部分能进行分解,而这仅仅是静电作用能的一部分

感谢老师回复,那老师您的意思是cut-off的结果是正确的嘛,但是这两个原子团之间的静电相互作用都达到了-140kJ/mol,这是合理的嘛,是不是有点太大了啊

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发表于 Post on 2022-11-7 10:13:33 | 只看该作者 Only view this author
云隐i 发表于 2022-11-6 19:53
感谢老师回复,那老师您的意思是cut-off的结果是正确的嘛,但是这两个原子团之间的静电相互作用都达到了- ...

显著离子性的正、负电荷基团之间达到这样的数量级没什么新鲜的。在实际溶液环境中,溶剂效应会显著削弱静电作用强度,你当前的分解只是真空下进行的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-7 10:34:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-7 10:13
显著离子性的正、负电荷基团之间达到这样的数量级没什么新鲜的。在实际溶液环境中,溶剂效应会显著削弱静 ...

感谢老师回复,那如何在实际溶液环境中进行分解呢

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发表于 Post on 2022-11-7 11:05:01 | 只看该作者 Only view this author
云隐i 发表于 2022-11-7 10:34
感谢老师回复,那如何在实际溶液环境中进行分解呢

原理上可带着隐式溶剂模型
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-7 11:14:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-7 11:05
原理上可带着隐式溶剂模型

感谢老师回复,那我需要在mdp文件中加入隐式溶剂模型的相关参数然后重新跑md,重新计算Coul-SR嘛

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发表于 Post on 2022-11-8 10:19:23 | 只看该作者 Only view this author
云隐i 发表于 2022-11-7 11:14
感谢老师回复,那我需要在mdp文件中加入隐式溶剂模型的相关参数然后重新跑md,重新计算Coul-SR嘛

2019开始不再支持隐式溶剂模型
rerun时候加上,没必要重新跑轨迹
能量组分解是否兼容隐式溶剂模型我没实测过
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-8 10:24:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-8 10:19
2019开始不再支持隐式溶剂模型
rerun时候加上,没必要重新跑轨迹
能量组分解是否兼容隐式溶剂模型我没 ...

非常感谢老师的回复,我试试

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