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[GROMACS] 求助:gmx跑液体系统怎么求分子体积

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楼主
各位老师好,我目前跑液晶系统,分子都是致密地挤在一起的,所以我就直接用总的box体积除分子个数来算分子体积,但是和其他文献对比的时候,发现另一篇文献是通过密度和摩尔质量算的摩尔体积,换算之后比我的体积要小一些,请问哪种计算方法是合理的?而且我发现文献里用和我一样的联合原子力场,但是他算摩尔质量时没算那些力场忽略的氢原子,请问这个是正确的吗?感谢各位老师!

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发表于 Post on 2022-11-8 12:55:08 | 只看该作者 Only view this author
文献跟你的做法是等价的。数值差异是其它模拟因素

联合原子力场把非极性氢的质量已经归到了相连的重原子上
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-9 03:25:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-8 12:55
文献跟你的做法是等价的。数值差异是其它模拟因素

联合原子力场把非极性氢的质量已经归到了相连的重原子 ...

原来如此!感谢sob老师!

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