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[VMD] VMD如何设置绘图

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各位老师,我构建了一个石墨烯炭吸附剂,吸附有机小分子的模拟体系。1.请问如何用VMD绘图才能显示成这两个图的样子呢?
2.各位有更好的绘制效果吗?既能看到炭结构又能观察邮寄小分子的吸附状态。




202211091624359089..png (70.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-9 16:31:08 | 只看该作者 Only view this author
1.请问如何用VMD绘图才能显示成这两个图的样子呢?
2.各位有更好的绘制效果吗?既能看到炭结构又能观察有机小分子的吸附状态。
(抱歉没有检查帖子,字打错了)

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发表于 Post on 2022-11-9 20:09:09 | 只看该作者 Only view this author
王子璇 发表于 2022-11-9 16:31
1.请问如何用VMD绘图才能显示成这两个图的样子呢?
2.各位有更好的绘制效果吗?既能看到炭结构又能观察有 ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-11-9 20:10:21 | 只看该作者 Only view this author
对于显示轮廓,把石墨烯部分增加个quicksurf方式显示方式,材质用ghost
对于显示石墨烯,用line或licorice(减小bond radius)
小分子用CPK或者licorice显示
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