求助：如何模拟DNA转录和复制

阿志

各位老师好，我想问一下Amber是否可以模拟DNA的转录以及复制，如何可以，应该如何操作？
如果各位老师，有相关的文献，希望可以推荐一下，因为对这个不是很了解，麻烦各位老师了

tomwong4253

从你问的问题，我盲猜一下你是想要搞出类似油管上教学视频那种一个碱基上来再一个碱基上来那种动画般的“模拟”？

如果我猜对的话，那么别说AMBER，常规的MD基本上想都不用想，转录翻译过程涉及那么多磷酸二酯键或者肽键的生成，AMBER力场以及其它常见的用于生物体系的根本没法描述这种有化学键生成或者消失的化学反应。即使你有适配AMBER软件的反应力场，恐怕也只能“模拟”出其中一个瞬时的过程和状态。一般的MD模拟级别最多到微秒级（用全原子力场恐怕朝着个把月跑），而一个转录翻译的全过程怎么着也得到毫秒甚至更长的时间了（那个时间的1000倍），想想得算到什么时候。

如果硬要用MD做的话，用普通MD做个转录复合物或者翻译复合物的平衡构象的分析，用targetedMD做一下复合物的在不同构象之间的变构过程和规律等等，都是可行的方向。但是别忘了转录和翻译的蛋白机器大的吓人，你要模拟整个复合物？还是做适当的删减只研究蛋白和核酸的作用界面？这些都得考虑到。

如你所说，恐怕你对MD能做什么不能做什么的理解欠缺的还比较多，建议参加一下社长的gmx培训班，多看看Amber的教程，做几个入门级的小工作，仔细理解下MD当前能做什么，以及几乎不能做什么。把你要研究的问题向着目前MD能够做的这些体系来“转化”，这才是尽快解决这个问题的道路。

阿志

tomwong4253 发表于 2022-11-21 23:10
从你问的问题，我盲猜一下你是想要搞出类似油管上教学视频那种一个碱基上来再一个碱基上来那种动画般的“模 ...

十分感谢您的回答。
首先，您猜的没有问题，我就是想做一个类似于动画的模拟。其实您说的问题我之前也想过，感觉这个难度有点大，但是想着可能有万一，有可能是我知道太少，其实是可行的，所以才问一下，确认一下。
然后，您说的转录复合物或者翻译复合物，我觉得可以试试。您有推荐的软件或者文章吗？我想试一下。
最后，十分感谢您的回复，受益匪浅，谢谢您。

tomwong4253

你后面问的这个太不明确了，建议你自己pubmed或者上PDB找找做转录复合物和翻译复合物的结构，自己看看结构对应的文章找找科学问题把。

阿志

tomwong4253 发表于 2022-11-22 21:38
你后面问的这个太不明确了，建议你自己pubmed或者上PDB找找做转录复合物和翻译复合物的结构，自己看看结构 ...

好嘞，谢谢您