求助：二维结构式转为立体构象，并进行结构优化

HuangYiF

我计算一篇文献中的结构，我通过在chemdraw中将结构式画出后，然后导入chem3d中转化为立体构象，并用chem3d里的MM计算将能量最小化后，再将这个构象在高斯中进行优化后，并不能优化到文献中的立体构象，我感觉是我在构建初始结构时出现错误，但这是因为我有正确结构进行对比，但若我只有二维结构式，我怎样更可靠的转化为立体构象，能不能用chemdraw转chem3d这个方法，有没有更靠谱的转化立体结构的方式？还有若是初始构象不对，高斯结构优化是不是优化不了？

sobereva

先用chem3D转出来，结合基本化学常识判断是否靠谱。如果是刚性结构，并且凭化学常识判断没问题，可以交给量化程序进一步优化。如果是柔性体系，需要做构象搜索，看molclus主页http://www.keinsci.com/research/molclus.html以及里面的相关教程

不管初始结构是否合理，Gaussian都能优化，只不过结果有没有意义是另一码事。如果初始结构巨烂，Gaussian优化的第一轮就大概率SCF不收敛；如果初始结构里有原子间距离特别近，Gaussian的优化根本不会执行，而直接报错。

swordshine

直接从chemdraw导入chem3d，很多分子的构象会非常奇怪，尤其是双键的顺反异构，chem3d特别尬，完全无视立体构型，即使MM优化也不能得到想要的结构。很多情况下必须先手动调整后再优化。物理有机是必学的，至少对大概什么构象有更低的能量有个初步的了解。复杂柔性体系必须用构象搜索。