求助gromacs做固体与溶液的体系模拟时，z方向上设了两面wall，但水分子还是能跑出去

PHOENIXHMX · 发表于 Post on 2022-11-28 10:02:15

做固体与溶液的体系模拟时，在z方向上设置了两面wall，但是水分子还是能跑出去，这是为什么呢？

Haruka_0509 · 发表于 Post on 2022-11-28 15:26:33

你好，请问作为墙的分子MW的详细参数是怎样设置的呢？另外，您或许可以试试添加wall_density = 150 150选项来提高分子墙的密度。

PHOENIXHMX · 发表于 Post on 2022-11-28 16:21:02

Haruka_0509 发表于 2022-11-28 15:26
你好，请问作为墙的分子MW的详细参数是怎样设置的呢？另外，您或许可以试试添加wall_density = 150 15 ...

您好，谢谢解答。wall的分子MW是itp中自带的分子，因为我用的是wall_type=12-6，所以无法设置wall_density，我会采用您的建议来修改一下。

PHOENIXHMX · 发表于 Post on 2022-11-28 18:25:12

Haruka_0509 发表于 2022-11-28 15:26
你好，请问作为墙的分子MW的详细参数是怎样设置的呢？另外，您或许可以试试添加wall_density = 150 15 ...

试了一下，还是会有水分子跑出去，是因为密度太小吗？还是我分子的类型设置有错误？

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[GROMACS] 求助gromacs做固体与溶液的体系模拟时，z方向上设了两面wall，但水分子还是能跑出去