gromacs 出现Atomtype CH3 not found错误

xiaoqiu · 发表于 Post on 2022-12-10 14:55:56

在蛋白-配体复合物的过程中,配体是在PRODRG网站生成的lig.gro和lig.itp文件.然后在进行预处理的过程中,执行gmx grompp -f em.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr -maxwarn 2 指令,报错:ERROR 1 [file lig.itp, line 24]:Atomtype CH3 not found.

求助大家看看处理什么问题!困惑孩子2天了!谢谢大家.
topol.top文件

lig.itp文件

Puying · 发表于 Post on 2022-12-11 16:21:07

应该是在forcefield.itp 里面没有CH3这个原子类型

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-12-12 13:30:06

PRODRG生成的是GROMOS87的格式，CH3是GROMOS力场里甲基的原子类型，Amber99SB-ILDN里肯定没有，用acpype/sobtop或者charmm-gui去生成GAFF的top去和Amber适配

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-14 12:45:15

搞清楚产生拓扑文件的工具对应的都是什么力场，没这些基本常识完全就是瞎折腾。此文都说了
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

另外，prodrg如今已经严重不建议使用，看上文。

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[GROMACS] gromacs 出现Atomtype CH3 not found错误

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