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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 用NAMD对DNA进行能量最小化
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[NAMD] 用NAMD对DNA进行能量最小化

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Chenmingzhu

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楼主
发表于 Post on 2022-12-18 15:36:11 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
求助：当我在用NAMD对DNA进行能量最小化的时候，选用的模型是球型水体模型，到了动力学模拟这一步时总会出现报错：FATAL ERROR: Atom 11944 is outside of the MSM grid.想请教下这该怎么解决呢？以下是我动力学模拟的conf文件和log日志

D(PS8W0VR_~B8Z82PN}IMIU.png (24.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

D(PS8W0VR_~B8Z82PN}IMIU.png

dna2_ws_eq.conf

3.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

dna2_ws_eq.log

46.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 3
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