求助：用gmx计算体积得到0

FrancisLi

各位老师好，我想用gromacs来算分子中部分原子所占的体积，所以就写了个index.ndx文件，把分子中其中几个原子分成一个group，然后用这个命令gmx density -n index.ndx -s eql.tpr -f eql.trr来计算这些原子的体积，但是得到的density.xvg文件是这样的，除了前几行有数据，剩下都是0，请问是什么原因呀？感谢！

1. @    title "Partial density"
   
2. @    xaxis  label "Coordinate (nm)"
   
3. @    yaxis  label "Density (kg m\S-3\N)"
   
4. @TYPE xy
   
5. @ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85
   
6. @ legend on
   
7. @ legend box on
   
8. @ legend loctype view
   
9. @ legend 0.78, 0.8
   
10. @ legend length 2
    
11. @ s0 legend "group1"
    
12.    0.0961683       0.00186901
    
13.     0.288505        0.0227613
    
14.     0.480841          0.13719
    
15.     0.673178         0.382046
    
16.     0.865515         0.675754
    
17.      1.05785          1.21879
    
18.      1.25019          1.27317
    
19.      1.44252          1.64769
    
20.      1.63486          2.69168
    
21.       1.8272          2.37879
    
22.      2.01953         0.790135
    
23.      2.21187        0.0645819
    
24.      2.40421                0
    
25.      2.59654                0
    
26.      2.78888                0
    
27.      2.98122                0
    
28.      3.17355                0
    
29.      3.36589                0
    
30.      3.55823                0
    
31.      3.75056                0
    
32.       3.9429                0
    
33.      4.13524                0
    
34.      4.32757                0
    
35.      4.51991                0
    
36.      4.71225                0
    
37.      4.90458                0
    
38.      5.09692                0

复制代码

sobereva

gmx density是算密度曲线的，本来就不是算体积的。为0说明相应位置没有你选择的原子分布，一看轨迹就知道是什么情况