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[蛋白质建模] 请问金属蛋白建模,如何在蛋白质上加入配体金属离子

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gromacs小白一枚,做蛋白质,之前课题组一直用的都是纯蛋白质,导师希望我在蛋白质三股螺旋的羧基上配位分别一个Cr3+和Zr4+,想问一下这个要怎么配位上去,最好步骤可以详细一点,十分感谢,螺旋分子量30000左右,用GSview太卡了;蛋白质模型是用的the buscr建立的,然后用scwrl替换的羟脯氨酸。

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发表于 Post on 2022-12-25 18:14:12 | 只看该作者 Only view this author
1. 看原始pdb中有无该离子   
2. 使用Discovery studio或者其他软件摆放
3. 如果离子与氨基酸形成了共价键,需要自己构建力场参数
4. 你所用的离子可能需要自己找力场参数

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-25 18:49:37 | 只看该作者 Only view this author
casea 发表于 2022-12-25 18:14
1. 看原始pdb中有无该离子   
2. 使用Discovery studio或者其他软件摆放
3. 如果离子与氨基酸形成了共价 ...

非常感谢,之前是纯蛋白,里面没有金属离子

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发表于 Post on 2022-12-25 19:00:20 | 只看该作者 Only view this author
没有叫GSview的程序,那叫GaussView
>=几千原子的体系基本没人用GaussView。VMD虽然不擅长建模,但对于挪动离子到合适的位置是完全没问题的
始终说原子数,永远不要只说分子量
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-27 09:00:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-25 19:00
没有叫GSview的程序,那叫GaussView
>=几千原子的体系基本没人用GaussView。VMD虽然不擅长建模,但对于挪 ...

非常感谢sob老师的回复

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