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[GROMACS] 要在电场中做分子模拟,计算RESP电荷时是否应当考虑电场的影响?

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楼主
请问各位老师,我想模拟液晶分子在电场中的取向,导师建议用GAFF力场。用Multiwfn做了itp,其中没有电荷信息。我在计算RESP的时候想到,电场会引起分子极化,电荷分布也会收到影响,那我在计算RESP的时候,要不要加上相同的电场呢?但是因为分子在模拟过程中会转动,那我计算RESP的电场应该从哪个方向加呢?请老师们指点,谢谢!

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发表于 Post on 2022-12-28 14:32:57 | 只看该作者 Only view this author
Multiwfn根本没有产生itp的功能
分清楚sobtop和Multiwfn
对于创建拓扑文件来说,Multiwfn是算原子电荷用的

没有确定朝向,就没法在计算原子电荷的过程中体现外场产生的极化作用。你的这种情况如果想描述得比较严格,应当用可极化力场。如果你觉得电场没显著到可以明显影响原子电荷分布,用无电场情况下算的RESP电荷也说得过去。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-28 15:07:56 | 只看该作者 Only view this author
啊,最近脑子烧瓦特了,哈哈
好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2023-3-10 09:56:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-28 14:32
Multiwfn根本没有产生itp的功能
分清楚sobtop和Multiwfn
对于创建拓扑文件来说,Multiwfn是算原子电荷用 ...

sob老师,请问,如果需要添加静电场,电场强度也够大,有没有什么可以方法可以在使用非极化力场的情况下能近似等效极化力场的效果

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发表于 Post on 2023-3-11 23:08:08 | 只看该作者 Only view this author
Shionny 发表于 2023-3-10 09:56
sob老师,请问,如果需要添加静电场,电场强度也够大,有没有什么可以方法可以在使用非极化力场的情况下 ...

在量子化学程序里带着电场产生波函数信息,然后对相应的波函数产生原子电荷
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-3-12 23:17:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-11 23:08
在量子化学程序里带着电场产生波函数信息,然后对相应的波函数产生原子电荷

谢谢sob老师

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