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[GROMACS] 求助把蛋白质放在15mM中的醋酸铵溶液中进行gmx模拟,如何设置命令保证这一模拟条件

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楼主
请问各位老师前辈,把蛋白质放在15mM中的醋酸铵溶液中进行gmx模拟,如何设置命令保证浓度的准确?如果用insert-molecules命令的话,是不是可以将填满水(包裹蛋白质)的盒子中将水分子替换为醋酸铵分子?如果可以的话,这种方法是不是只能设置插入分子个数,能不能设置插入醋酸铵浓度?如果不行的话有没有好的方法实现这一模拟条件?

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发表于 Post on 2023-2-10 04:00:34 | 只看该作者 Only view this author
把蛋白附近加上真空区,先插入一定数目的醋酸铵,再用gmx solvate结合-maxsol加入指定数目的水。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-18 09:08:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-10 04:00
把蛋白附近加上真空区,先插入一定数目的醋酸铵,再用gmx solvate结合-maxsol加入指定数目的水。

请问老师醋酸铵的gro文件需要自己创建吗,该如何创建呢

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发表于 Post on 2023-2-19 01:26:42 | 只看该作者 Only view this author
duzy 发表于 2023-2-18 09:08
请问老师醋酸铵的gro文件需要自己创建吗,该如何创建呢

GaussView画一个,保存成pdb,GROMACS直接能用。也可以载入Multiwfn用主功能100的子功能2转成gro格式
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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