关于.gro文件的格式

laifeng20151107

.gro文件中坐标与坐标之间隔多少个字符是不是要特别注意。我在http://manual.gromacs.org/online/gro.html站中看了一段话，不是很明白其中的意思。This format is fixed, ie. all columns are in a fixed position. Optionally (for now only yet with trjconv) you can write gro files with any number of decimal places, the format will then be n+5 positions with n decimal places (n+1 for velocities) in stead of 8 with 3 (with 4 for velocities). Upon reading, the precision will be inferred from the distance between the decimal points (which will be n+5). Columns contain the following information (from left to right):

• residue number (5 positions, integer)
• residue name (5 characters)
• atom name (5 characters)
• atom number (5 positions, integer)
• position (in nm, x y z in 3 columns, each 8 positions with 3 decimal places)
• velocity (in nm/ps (or km/s), x y z in 3 columns, each 8 positions with 4 decimal places)
  

这是他给出的example:

突出显示的句子特别不明白。

sobereva

默认情况下，记录每个坐标时候，是8个字符宽度，其中有三位小数；记录速度的时候，也是8个字符宽度，但是有四位小数。所以gro里字符宽度是有规定的，不能以自由格式书写。

特殊情况下，格式也允许一点变化。即记录坐标时，如果小数部分你写了n位，则程序会认为数据的字符宽度是n+5。在记录速度时候，若小数部分写了n+1位，会认为数据字符宽度是n+5。

laifeng20151107

sobereva 发表于 2016-6-12 22:28
默认情况下，记录每个坐标时候，是8个字符宽度，其中有三位小数；记录速度的时候，也是8个字符宽度，但是有 ...

懂了，谢谢sob老师的耐心解答！