计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1533|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[ORCA] ORCA优化乙酸铵分子结构提示不是最低能量状态,尝试多种摆放方式仍是这个提示

[复制链接 Copy URL]

6

帖子

0

威望

15

eV
积分
21

Level 1 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
从chemspider下载乙酸铵{CAS:631-61-8}的3D分子结构,使用ORCA优化时,提示分子结构不是最低能量状态,但是尝试了很多种分子结构的摆放方式,仍然提示这个错误,请问各位老师是哪里有问题?.gjf、.inp文件和输出的错误.out文件见附件。

ysa.zip

211.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 15

优化产生的错误文件

334

帖子

1

威望

6165

eV
积分
6519

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2023-2-13 10:48:05 | 只看该作者 Only view this author
看起来就是几何优化没收敛。初始结构比较差,优化步数需要比较多。看优化过程的能量曲线的形状是接近收敛的。继续优化下去就能收敛了。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125235

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2023-2-13 11:01:47 | 只看该作者 Only view this author
乙酸根和铵根距离也太近了,要有基本的原子半径概念。缺乏常识的话看看结构化学书

chemspider上的结构往往是从二维结构自动转成的3D结构,很可能严重不合理,必须拿可视化程序观看立体结构,凭常识判断合理性再计算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6

帖子

0

威望

15

eV
积分
21

Level 1 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-13 13:24:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-13 11:01
乙酸根和铵根距离也太近了,要有基本的原子半径概念。缺乏常识的话看看结构化学书

chemspider上的结构往 ...

谢谢老师,压缩包中的分子结构是根据错误提示重新摆放的,由于调整 过很多次分子结构,压缩包中的可能是放错了,非常抱歉。本条回复中附件的.gjf文件是最开始做乙酸铵结构优化时使用的分子结构之一,铵根带正电的N和乙酸根带负电的单键O靠近。图片是优化后的错误提示图。乙酸铵的分子结构画过七八个,优化结果的错误提示都一样,如.png图片所示,每个结构优化后的.out文件中的能量趋势也都差不多,但一直优化不出结果,不知道问题具体出在哪?

错误提示图.png (64.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

错误提示图.png

YSA03.gjf

975 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5

6

帖子

0

威望

15

eV
积分
21

Level 1 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-13 13:30:57 | 只看该作者 Only view this author
paramecium86 发表于 2023-2-13 10:48
看起来就是几何优化没收敛。初始结构比较差,优化步数需要比较多。看优化过程的能量曲线的形状是接近收敛的 ...

谢谢您的回答。尝试过继续优化,但还是不收敛,比乙酸铵分子更复杂的结构很快就能优化出来,乙酸铵这种结构比较简单的却一直优化不出来,不知道问题出在哪

334

帖子

1

威望

6165

eV
积分
6519

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2023-2-13 15:01:18 | 只看该作者 Only view this author
qiuzhu 发表于 2023-2-13 13:30
谢谢您的回答。尝试过继续优化,但还是不收敛,比乙酸铵分子更复杂的结构很快就能优化出来,乙酸铵这种结 ...

还是结构不太好。ORCA优化不出来。我用G16先优化一下再用orca优化就没啥问题。这是输出文件。

b97-3c_opt.log

330.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 9

6

帖子

0

威望

15

eV
积分
21

Level 1 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-13 16:39:45 | 只看该作者 Only view this author
paramecium86 发表于 2023-2-13 15:01
还是结构不太好。ORCA优化不出来。我用G16先优化一下再用orca优化就没啥问题。这是输出文件。

谢谢您,看了您的输出文件,优化后的分子由铵根变成了氨,两个基团均不带电荷,一些分子结构的网站中及文献中的分子式是两个正、负离子基团,请问一下,这种情况是正常的吗?因为做的其他分子优化没有出现过这种情况

1万

帖子

0

威望

9902

eV
积分
22161

Level 6 (一方通行)

8#
发表于 Post on 2023-2-13 17:06:54 | 只看该作者 Only view this author
qiuzhu 发表于 2023-2-13 09:39
谢谢您,看了您的输出文件,优化后的分子由铵根变成了氨,两个基团均不带电荷,一些分子结构的网站中及文 ...

因为你做的是气相优化,气相里NH3的碱性比CH3COO-弱,所以CH3COONH4会自发分解成CH3COOH和NH3的非共价复合物。只有在极性足够强的溶液相(包括但不限于水相)或固相里,NH3的碱性才比CH3COO-强,CH3COONH4才能稳定以离子形式存在
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

334

帖子

1

威望

6165

eV
积分
6519

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2023-2-13 20:02:55 | 只看该作者 Only view this author
qiuzhu 发表于 2023-2-13 16:39
谢谢您,看了您的输出文件,优化后的分子由铵根变成了氨,两个基团均不带电荷,一些分子结构的网站中及文 ...

如楼上所说。这是气相分子 ,这样的结构就还是挺合理的。我也试了用隐式溶剂,区别不大。可能你想看到那种分开两个离子你就得考虑显式溶剂了。

6

帖子

0

威望

15

eV
积分
21

Level 1 能力者

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-13 20:44:01 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-2-13 17:06
因为你做的是气相优化,气相里NH3的碱性比CH3COO-弱,所以CH3COONH4会自发分解成CH3COOH和NH3的非共价复 ...

好的,谢谢您

6

帖子

0

威望

15

eV
积分
21

Level 1 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-13 20:45:29 | 只看该作者 Only view this author
paramecium86 发表于 2023-2-13 20:02
如楼上所说。这是气相分子 ,这样的结构就还是挺合理的。我也试了用隐式溶剂,区别不大。可能你想看到那 ...

好的,谢谢您,麻烦您了

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-28 15:43 , Processed in 0.989390 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list