如何从Gromacs模拟结果中提取dimer构型？

yaochuang · 发表于 Post on 2016-6-13 10:01:15

本帖最后由 yaochuang 于 2016-6-13 10:04 编辑

请问各位老师，在Gromacs中可不可以从模拟的最终结果中提取出二聚体的构型？
比如说一个模拟体系中包含100个A分子，当体系达到平衡后，我想从中选出距离某一个A0分子的质心距离为2nm范围内的其他A分子，并将这些分子与A0形成的二聚体的结构以xyz结构输出。

不知道这个想法是否可行，这两天看了Gromacs自带的gmx select 但是仍然还不能实现这个目的，还请各位老师帮忙，谢谢了！

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-13 10:37:53

用VMD实现，比如选择语句写为same resid as within 20 of residue xx，就可以将residue xx附近20埃以内的分子完整地选中。你可以先在VMD里graphics-representation预览一下这么选择是否合适，合适的话file-save coordinate的时候选择的原子就填这个，格式选成xyz就行了

yaochuang · 发表于 Post on 2016-6-13 11:03:16

本帖最后由 yaochuang 于 2016-6-13 11:05 编辑

sobereva 发表于 2016-6-13 10:37
用VMD实现，比如选择语句写为same resid as within 20 of residue xx，就可以将residue xx附近20埃以内的分 ...

好的，谢谢sob老师。这样应该只能选中这些分子，我想把他们分别保存为二聚体的结构，这就只有再自己手动改了吧？

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-13 12:13:46

yaochuang 发表于 2016-6-13 11:03
好的，谢谢sob老师。这样应该只能选中这些分子，我想把他们分别保存为二聚体的结构，这就只有再自己手动 ...

file-save coordinate的时候输入那样的选择语句，得到的保存出的结构文件就只有你选中的分子
但2nm范围内有可能会有多个其它分子，这时候就得写脚本才能实现只选取其中一个并保存二聚体

yaochuang · 发表于 Post on 2016-6-13 15:00:06

sobereva 发表于 2016-6-13 12:13
file-save coordinate的时候输入那样的选择语句，得到的保存出的结构文件就只有你选中的分子
但2nm范 ...

好的，谢谢sob老师提醒，我去试试。

sui · 发表于 Post on 2020-12-27 20:36:07

sobereva 发表于 2016-6-13 12:13
file-save coordinate的时候输入那样的选择语句，得到的保存出的结构文件就只有你选中的分子
但2nm范 ...

请问sob老师如何写脚本保存我想要的两个分子，比如我想同时保存52和56号分子

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-28 07:15:48

sui 发表于 2020-12-27 20:36
请问sob老师如何写脚本保存我想要的两个分子，比如我想同时保存52和56号分子

set sel [atomselect top "resname 52 56"]
$sel writepdb new.pdb
当前目录下就有了new.pdb
选择语句的写法随机应变
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

sui · 发表于 Post on 2021-1-8 16:02:55

sobereva 发表于 2020-12-28 07:15
set sel [atomselect top "resname 52 56"]
$sel writepdb new.pdb
当前目录下就有了new.pdb

谢谢sob老师，后来看过帖子啦

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