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[CP2K] 求助:cp2k如何固定键长优化结构

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各位老师好,在用cp2k优化结构时,如何像高斯09那样固定键长做限制性优化。谢谢

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发表于 Post on 2023-2-28 01:37:37 | 只看该作者 Only view this author
没法对内坐标固定
只能在&SUBSYS里定义对应原子间距离的colvar,然后在&MOTION里对相应的colvar设置限制势,基本实现等效的效果
要么就干脆把两个原子的坐标直接冻住
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发表于 Post on 7 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-28 01:37
没法对内坐标固定
只能在&SUBSYS里定义对应原子间距离的colvar,然后在&MOTION里对相应的colvar设置限制势 ...

sob老师,我在CP2K中跑AIMD时,对两个键长按您说的方法进行了限制,但是轨迹只能生成第一个点。任务没有报错,但是输出文件(.out)大小飞速增长,我打开后发现输出文件末尾全是下面这段话重复刷:
*** WARNING in constraint.F:773 :: Shake NOT converged in   1000          ***
***           iterations in the intermolecular constraint. CP2K continues ***
*** but results could be meaningless.                                     ***
请问这种情况该怎么处理呢?

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发表于 Post on 7 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-28 01:37
没法对内坐标固定
只能在&SUBSYS里定义对应原子间距离的colvar,然后在&MOTION里对相应的colvar设置限制势 ...

我主要是不明白Shake not converged是指什么没有收敛呢

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发表于 Post on 6 day ago | 只看该作者 Only view this author
ljh123 发表于 2024-11-17 12:44
我主要是不明白Shake not converged是指什么没有收敛呢

SHAKE算法需要迭代来让结构满足要求
避免不合理、过激的约束
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发表于 Post on 6 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-18 10:12
SHAKE算法需要迭代来让结构满足要求
避免不合理、过激的约束

我好像明白了,对键长限制太多或者不合理,就会导致这个报错。。

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