求助：amber的tleap报错Could not find angle parameter for atom types: ha - ca...

dimoo

各位老师，我用amber对一个有机分子形成的聚合物建模，首先绘制了单体的结构并转换为了mol2格式文件，随后利用antechamber处理成了gaussian的输入文件进行了ESP电荷的计算，antechamber进行了电荷的resp电荷的拟合生成了ac文件，然后利用prepgen命令定义了单体的残基和两端的残基，tleap的时候加载了gaff力场，但是在生成prmtop和inpcrd还是显示有参数缺失，我检查了这个单体的结构，发现报错信息中提到的O1原子与其他两个原子并不成键，个人认为这3个原子之间不应该有angles的参数信息，因此对于这种报错不知道该如何处理。以下是我的报错信息：
Could not find angle parameter for atom types: ha - ca - os
        for atom H2 at position 5.511895, 0.646824, -0.257976,
            atom C2 at position 4.916019, 1.524725, -0.104991,
        and atom O1 at position 5.519247, 2.720040, 0.185248.



tleap的输入文件内容如下，pet定义为单体残基，hpt为head端残基，tpt为tail端残基：
source leaprc.gaff
loadamberprep pet.prepi
loadamberprep hpt.prepi
loadamberprep tpt.prepi
mol = sequence {HPT PET PET PET PET PET PET PET PET PET PET PET PET PET PET PET PET PET PET TPT}
savepdb mol pet20.pdb
saveamberparm mol pet20.prmtop pet20.inpcrd
quit

Frozen-Penguin

在mol2文件里把不应该出现的键删掉，同时注意这些键是否存在对其他键的类型的影响。

dimoo

Frozen-Penguin 发表于 2023-3-11 18:56
在mol2文件里把不应该出现的键删掉，同时注意这些键是否存在对其他键的类型的影响。

您好，已经找到了问题，是定义的mc文件中存在拼写错误，导致生成的prepi文件中有错误的成键方式，以至于在gaff中找不到对应的力场参数

liuliuliu666

想求教您具体怎么解决的，我也遇到Error: Could not find angle parameter: os - ca - ha，怎么看prepi文件中错误的成键方式啊