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[GROMACS] 二硫键键长比理论值小很多的问题

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各位老师好,在网上查二硫键的键长大约在2.05 A,我计算了模拟中蛋白质上形成二硫键的两个原子间的距离,发现键长距离都在1.6 A以下波动,比理论值小很多,请问这个结果正常吗?

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发表于 Post on 2023-3-14 11:30:32 | 只看该作者 Only view this author
正常情况不会这么小。检查拓扑文件里S-S对应的平衡键长设置
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-14 11:37:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-14 11:30
正常情况不会这么小。检查拓扑文件里S-S对应的平衡键长设置

谢谢老师

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