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[GROMACS] gromacs作相互作用能分析时报错

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麻烦大家,有个问题想咨询,在对模拟完后的md.xtc文件进行了处理周期性边界以及对DNA消除平动和转动,之后得到fit.xtc文件,在做相互作用能分析时输入gmx mdrun -v -deffnm md -rerun fit.xtc -ntmpi 1 命令时出现如图报错,没搞清匹配不正确的问题

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发表于 Post on 2023-3-15 11:50:47 | 只看该作者 Only view this author
弄清楚你处理轨迹过程中是否只保留了某个组,这会导致轨迹和cpt等其它文件原子数不对应
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-15 14:01:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-15 11:50
弄清楚你处理轨迹过程中是否只保留了某个组,这会导致轨迹和cpt等其它文件原子数不对应

sob老师您好,我是模拟DNA与金属离子,在处理周期性边界中centering组选择DNA,output组选择system,在消除平动和转动中选择的组least squares fit组和output组都选择的DNA,请问这样对吗

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发表于 Post on 2023-3-15 14:03:48 | 只看该作者 Only view this author
Wxy1998 发表于 2023-3-15 14:01
sob老师您好,我是模拟DNA与金属离子,在处理周期性边界中centering组选择DNA,output组选择system,在消 ...

output组的选择决定了你产生的轨迹文件里记录了哪些部分,显然不选system的话就和其它文件原子不对应了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-15 14:59:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-15 14:03
output组的选择决定了你产生的轨迹文件里记录了哪些部分,显然不选system的话就和其它文件原子不对应了

好的谢谢sob老师

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