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[GROMACS] 分子距离大于cutoff值的问题

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在尝试蛋白(4wpn)-水(SPC)体系,分别使用editconf加cube盒子、solvate加水、genion加抗衡离子后,进行能量最小化操作。出现如图警告.
请问下该如何操作,是在.mdp文件中对cutoff值进行修改么?或者是在构建过程中存在问题?
以下附件 res.zip (376.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 3) 是我的.gro、.mdp文件。先谢谢各位老师同学。





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发表于 Post on 2023-3-15 11:52:15 | 只看该作者 Only view this author
检查拓扑文件合理性、创建过程
跟mdp没直接关系。mdp本身没明显问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-15 15:16:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-15 11:52
检查拓扑文件合理性、创建过程
跟mdp没直接关系。mdp本身没明显问题

老师,我拓扑文件选用的是gmx54a7,水是spc,pdb2gmx生成。填充水分子使用gmx solvate命令,包括-p自动修改拓扑文件。我尝试换成amber99sb,操作步骤相同,但得到的错误相同(较大的距离均为2.114nm)。我看gmx的gitlab上,是因为2022版本的新检查,目的是为了防止获得轻微不正确的能量。我想再请问下,这个问题的存在是否会导致部分大于cutoff的非键作用缺失,问题属于比较严重的类型吗?

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发表于 Post on 2023-3-15 16:02:42 | 只看该作者 Only view this author
MGET127 发表于 2023-3-15 15:16
老师,我拓扑文件选用的是gmx54a7,水是spc,pdb2gmx生成。填充水分子使用gmx solvate命令,包括-p自动修 ...

尝试更老的诸如2018有什么提示。检查拓扑文件试图弄清楚2.114nm的exclusion对应什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-15 18:48:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-15 16:02
尝试更老的诸如2018有什么提示。检查拓扑文件试图弄清楚2.114nm的exclusion对应什么

好的,十分感谢老师。

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