关于更改smd后输出的pullf.xvg的坐标问题

李西华 · 发表于 Post on 2023-3-16 11:16:23

请问各位老师，在做smd时输出的pullf.xvg的横坐标是时间（ns），如果学生想以两个组别的间隔距离（nm）为横坐标该怎么设置呢？学生目前是想计算两组蛋白质心之间的距离，不知道是否正确（命令：gmx pairdist -f pull.xtc -s pull.tpr -n index.ndx -ref "com of group D" -sel "com of group C"，但输出的是横坐标还是时间）

PS：学生是想复现下图

李西华 · 发表于 Post on 2023-3-17 10:22:08

有老师可以看看吗

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[GROMACS] 关于更改smd后输出的pullf.xvg的坐标问题

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