分子中有跨过盒子边界成键的情况

AiYuqing22

老师们好！我的情况：我用sobtop生成一张COF膜的gaff力场，参考了Sobtop (sobereva.com)中"例6：产生跨越盒子的无限长氯丁二烯聚合物的拓扑文件"，我使用gview手动在x、y方向上将跨盒子边界成键的键连接起来，如图1（图用vmd打开显示）所示。

之后我用生成的mol2文件来生成itp文件，itp中显示我手动连接成键的原子之间的信息，键长和键角均合理。之后单独用一张膜跑了一个空盒子的200ps的nvt过程，没有报错。之后，我将这个itp用到我自己大的分离体系（非平衡态下cof分离水溶液），为了使膜在z方向保持不动，我做了两次尝试，在mdrun中均报错：1）冻住膜中的几个c原子，报错如图2，原子之间键和键角距离异常，和step 13: Water molecule starting at atom 2006 can not be settled. （如图2）
2）换成给膜中所用原子z方向的力限制，就出现以下错误（如图3，4），有提示某两个原子之间成键错误，我打开生成的pdb文件，整个体系已经崩溃。




我做过的尝试：
1、在mdp中加入periodic_molecules = yes，仍然出现相同报错。
2、把膜全部冻住，就不报错了。




我的问题：
1、在我的体系里periodic_molecules = yes和 pbc = xyz 二者是否重复？
2、给盒子边缘的原子手动成键来获得的itp是否合理，应用在非平衡态下的分离过程是否合适？如果不合适，如何获得一整张膜的itp呢？我想制作柔性的膜
3、对于我的报错，老师们能否给出建议或者相关解决办法？

sobereva

1 periodic_molecules = yes和pbc = xyz完全是两码事，后者决定体系的PBC，而前者要求产生bonded项的时候考虑跨盒子情况。你这种体系必须用periodic_molecules = yes

2 对照gview显示的原子序号，自行检查sobtop产生的itp文件里的[bonds]等项，抽查一些，该有的都有就没问题

3 http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

AiYuqing22

sobereva 发表于 2023-3-17 04:11
1 periodic_molecules = yes和pbc = xyz完全是两码事，后者决定体系的PBC，而前者要求产生bonded项的时候考 ...

谢谢sob老师，我对照自己的体系去检查问题。

youknowdcf

sobereva 发表于 2023-3-17 04:11
1 periodic_molecules = yes和pbc = xyz完全是两码事，后者决定体系的PBC，而前者要求产生bonded项的时候考 ...

sob老师好，手册里说yes时使用较慢的pbc算法，是指体系的计算速度减慢吗？我是构建了一个周期性的纳米片体系，本意是想减小一下体系尺寸（与孤立簇相比）从而加快计算速度，这样会得不偿失吗？

sobereva

youknowdcf 发表于 2024-11-11 15:57
sob老师好，手册里说yes时使用较慢的pbc算法，是指体系的计算速度减慢吗？我是构建了一个周期性的纳米片 ...

速度差不了太多