Gaussian做BOMD和ADMP的审稿意见求助

jctyp · 发表于 Post on 2023-3-23 08:25:00

1.#p m062x/6-311g(d,p) BOMD(update=5 Maxpoints=30000 Stepsize=5000 RTemp=300 ReadStop) nosymm
2.#p m062x/6-31g(d,p) ADMP(Maxpoints=30000 Stepsize=2000) IOp(1/80=1000000,1/81=10,1/82=300)
上面是Gaussian模拟动力学用到的关键词，审稿人意见：
1) How were the systems initialized for the Molecular Dynamics simulations and how were the pressure and temperatures controlled?2) The authors do not answer my question regarding the pressure control method for an open system like xxx in the thermodynamics calculations. What software did the authors use for their calculations, and how does the code estimate and control the pressure for an open (isolated) chemical system? 按照审稿人提问，怎么详尽回答为好？麻烦大家不吝指点，谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-24 00:58:22

标题不要就写个“审稿意见求助”，要体现帖子具体内容，这次给你改了，以后注意

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-24 01:00:48

Gaussian的AIMD计算根本没有压力的概念，程序本身不支持压力的施加和计算，而且又不是计算热力学数据那样压力会影响结果，所以就直接说没压力这回事。

初始化情况如实回复。

jctyp · 发表于 Post on 2023-3-24 07:30:59

sobereva 发表于 2023-3-24 00:58
标题不要就写个“审稿意见求助”，要体现帖子具体内容，这次给你改了，以后注意

社长说的对，以后遵从！

jctyp · 发表于 Post on 2023-3-24 07:42:36

sobereva 发表于 2023-3-24 01:00
Gaussian的AIMD计算根本没有压力的概念，程序本身不支持压力的施加和计算，而且又不是计算热力学数据那样压 ...

谢谢卢老师！在发出帖子后，看了您先前的文章“谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响”，懂了很多。但还有一个问题，通过BOMD模拟判断结构在300K下的稳定性，温度固定应该是通过IOp(1/80=1000000,1/81=10,1/82=300)来设定，还是要通过设定转动温度Rtemp=300？这两种设定有什么区别？还请麻烦指点。谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-24 08:40:14

jctyp 发表于 2023-3-24 07:42
谢谢卢老师！在发出帖子后，看了您先前的文章“谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响 ...

RTemp并不是控制转动温度的，手册里说得有误导性
1/82是用于ADMP过程的控温目的，Rtemp是用于BOMD的准量子动力学做初始化时的温度

jctyp · 发表于 Post on 2023-3-24 09:43:49

sobereva 发表于 2023-3-24 08:40
RTemp并不是控制转动温度的，手册里说得有误导性
1/82是用于ADMP过程的控温目的，Rtemp是用于BOMD的准量 ...

再麻烦卢老师：1. 初始化温度和过程温度有什么区别？要在某个温度下模拟稳定性，两者不应该一样吗？
2. 结合您的解答，是不是在BOMD，固定模拟温度只需设置Rtemp的数值，不可以也不需要设置1/82的数值。不知我的理解对不对？

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-25 03:36:20

jctyp 发表于 2023-3-24 09:43
再麻烦卢老师：1. 初始化温度和过程温度有什么区别？要在某个温度下模拟稳定性，两者不应该一样吗？
...

1 没有“过程温度”这种词

搞清楚原理再用

假设模拟过程中严格维持总能量守恒，由于动能-势能的交换，显然温度是不断变化的。

ADMP用IOp(1/82)可以让温度严格恒定在特定值，但实际上这在原理上是不当的，因为抑制了理应的温度涨落。

2 Gaussian的BOMD没有热浴（这点明显不如ORCA的BOMD），不仅没法固定温度，而且也没法令温度平衡在特定值附近。1/82是对ADMP而言的，BOMD没法用

jctyp · 发表于 Post on 2023-3-25 07:47:46

sobereva 发表于 2023-3-25 03:36
1 没有“过程温度”这种词

搞清楚原理再用

谢谢卢老师！基本上明白了，困惑很久的一个问题。期待参加高级量子化学培训班！

天天121 · 发表于 Post on 2023-3-29 15:08:46

jctyp 发表于 2023-3-25 07:47
谢谢卢老师！基本上明白了，困惑很久的一个问题。期待参加高级量子化学培训班！

请问一下update=5这个关键词是什么意思呢，见到有些做BOMD写的是update=gradonly

paramecium86 · 发表于 Post on 2023-3-29 16:11:00

天天121 发表于 2023-3-29 15:08
请问一下update=5这个关键词是什么意思呢，见到有些做BOMD写的是update=gradonly

这个说明书上有写。 update代表了每隔多少步要重新计算一次hessian，默认是每一步都重新计算一次精确地hessian。如果是gradientonly就是不计算精确地hessian 因为每一步计算hessian会非常慢。

天天121 · 发表于 Post on 2023-3-29 19:55:00

paramecium86 发表于 2023-3-29 16:11
这个说明书上有写。 update代表了每隔多少步要重新计算一次hessian，默认是每一步都重新计算一次精确地he ...

谢谢老师，请问gradientonly是不是不能跟Rtemp=298关键词联用啊

开心の土豆雷 · 发表于 Post on 2023-8-28 13:28:20

那该怎么确定初始化结构才能使计算有意义呢？

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[综合交流] Gaussian做BOMD和ADMP的审稿意见求助

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