求助：蛋白-配体复合物RMSD结果稳定后出现波动，不知该如何理解

alter · 发表于 Post on 2023-3-23 22:17:59

在对蛋白-配体进行分子模拟后，分别对蛋白、配体以及复合物进行RMSD了分析，发现Complex在35ns后变化很大，但是蛋白和配体却很稳定。

我用pymol看了下，发现蛋白结构和小分子都发生了变化，但是为什么在RMSD上protein和ligand的变化很小，complex变化很大，以及为什么蛋白结构和小分子构象会突然发生改变呢？

分子模拟刚刚入门，恳请各位大佬给予指点

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-24 00:49:23

要说清楚你的图是哪两帧的叠加
应当取RMSD比较小的地方的一帧和突然增大后的一帧叠加显示，并且先消除二者间的整体运动。既然有突越，肉眼上不至于分辨不出来。特别注意配体在复合物中的位置。既然配体和蛋白质自身RMSD都没有突越，复合物的突越大概率是来自于配体在蛋白质里位置或朝向的改变。为了便于展现，对蛋白质消除平动转动，将配体部分多帧叠加显示进行观察。

alter · 发表于 Post on 2023-3-29 15:41:22

sobereva 发表于 2023-3-24 00:49
要说清楚你的图是哪两帧的叠加
应当取RMSD比较小的地方的一帧和突然增大后的一帧叠加显示，并且先消除二者 ...

谢谢sob老师

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