求助：amber非标准残基参数化时出现bond parameter缺失问题

tetrazine · 发表于 Post on 2023-3-25 19:46:09

想用amber模拟带有非标准残基的蛋白，该非标准残基是先用Gauss做了结构优化，然后在Discovery Studio当中手动添加上去的。我参考了网上的教程来对其进行参数化，利用antechamber构建了ac文件，用prepgen和主链文件mc生成了prepin文件，最后利用parmchk2生成frcmod文件，利用tleap导入到lib中，随后导入蛋白，在check pro时输出：
Checking for bond parameters.
Could not find bond parameter for: C - NT
Checking for angle parameters.
Could not find angle parameter: O - C - NT
Could not find angle parameter: C - NT - H
Could not find angle parameter: C - NT - CT
Could not find angle parameter: CX - C - NT
There are missing parameters.
check: Warnings: 12
Unit is OK.

这里的NT是该非标准残基的氨基N原子，C应该是与之相连的上一个氨基酸的C原子，所有找不到的angle parameters也是围绕着这两个原子衍生出来的，不太明白是什么原因，恳请大佬解惑。

gaff_UAAMe.frcmod (8.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

leap.log (62.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

parm10_UAAMe.frcmod (4.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

UAAMe.ac (5 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

UAAMe.mc (216 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

UAAMe.prepin (3.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) 参数文件

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[Amber] 求助：amber非标准残基参数化时出现bond parameter缺失问题

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