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[GROMACS] 水合铁氰化物的径向分布函数rdf中出现不合理峰是什么原因导致的

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打算复现文章的体系,计算文件如下md.mdp,计算径向分布函数得到结果如图1,但是和文献中给出的分布(图2),在6埃多出了一个小峰,想知道可能是什么原因导致的

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发表于 Post on 2023-3-28 05:08:47 | 只看该作者 Only view this author
信息不充分。文献里和你的模拟用什么力场都没说。要想重复文献先确保所有条件能一致的全都尽可能一致

整个体系一起控温就完了,不要弄三个控温组
模拟时间也不够长,采样还明显不够充分。并且先确保体系已经平衡了
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